Rozdíl mezi BLAST a FastA

klíčový rozdíl mezi BLAST a FastA je to BLAST je základní vyrovnávací nástroj dostupný na webových stránkách Národního centra pro biotechnologické informace, zatímco FastA je vyhledávací nástroj podobnosti dostupný na webových stránkách Evropského bioinformatického institutu..

BLAST a FastA jsou dva programy, které se široce používají k porovnání biologických sekvencí DNA, aminokyselin, proteinů a nukleotidů různých druhů a hledání jejich podobností. Tyto algoritmy byly napsány s ohledem na rychlost. Protože, když vědci dokázali izolovat DNA v laboratoři v polovině 80. let, vyvstala potřeba porovnat a najít identické geny pro další výzkum vysokou rychlostí. Proto byly tyto dva programy vyvinuty tak, aby uživatel mohl rychle hledat podobné sekvence jako jejich sekvence dotazů.

BLAST je zkratka pro Základní nástroj pro vyhledávání místního zarovnání a používá lokalizovaný přístup při porovnání dvou sekvencí. FastA je software odkazující na Fast A, kde A znamená All. Zde software pracuje s abecedami, jako je Fast A pro sekvenování DNA a Fast P pro bílkoviny. Jak BLAST, tak FastA jsou velmi rychlé při porovnávání jakékoli genomové databáze, a proto jsou velmi životaschopné monetárně i šetří čas.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je BLAST
3. Co je FastA
4. Podobnosti mezi BLAST a FastA
5. Srovnání bok po boku - BLAST vs FastA v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je BLAST?

BLAST je jedním z nejpoužívanějších bioinformatických softwarů, který byl vyvinut v roce 1990. Od té doby je k dispozici pro všechny na webu NCBI. K tomuto softwaru může navíc přistupovat a používat jej kdokoli. Kromě toho je BLAST software, který potřebuje vstupní data nebo sekvence ve formátu FastA. Poskytuje však výstupní data ve formátu prostého textu, HTML nebo XML. BLAST pracuje na principu hledání lokalizovaných podobností mezi dvěma sekvencemi a krátkého seznamu podobných sekvencí a poté hledá podobnosti sousedství..

Obrázek 01: Výsledky BLAST

Tento software tedy hledá velký počet podobných místních regionů a dává výsledek při dosažení prahové hodnoty. Tento proces se však liší od dřívějšího softwaru, který nejprve prohledává celou sekvenci a poté provede srovnání, a proto zabral hodně času.

Kromě výše uvedené kontroly podobnosti má BLAST mnoho dalších použití, jako je mapování DNA, porovnání dvou identických genů u různých druhů, vytvoření fylogenetického stromu atd..

Co je FastA?

FastA je software pro zarovnávání proteinových sekvencí. David J. Lipman a William R. Pearson popsali tento software v roce 1985. Ačkoli počáteční použití tohoto softwaru bylo pouze pro porovnání proteinových sekvencí, jeho modifikovaná verze byla také schopna porovnat DNA sekvence. Zde tento software využívá princip statistického nalezení podobnosti mezi dvěma sekvencemi. To odpovídá jedné sekvenci DNA nebo proteinu s jinou sekvencí metodou lokálního seřazení sekvencí.

Obrázek 02: FastA

Hledá však podobnost místních regionů, ale ne nejlepší shodu mezi dvěma sekvencemi. Protože tento software občas porovnává lokalizované podobnosti, může přijít i s neshodami. V sekvenci FastA zaujímá malou část známou jako k-n-tice, kde n-tice mohou být od 1 do 6 a shoduje se s n-ticemi druhé sekvence. Na konci procesu párování, když dosáhne prahové hodnoty, vytvoří výsledek.

Jaké jsou podobnosti mezi BLAST a FastA?

• BLAST a FastA jsou nástroje bioinformatiky používané k porovnání podobnosti proteinů a DNA sekvencí.
• Oba programy také používají skórovací strategii pro srovnání mezi sekvencemi.
• Kromě toho oba nástroje poskytují vysoce přesné výsledky.

Jaký je rozdíl mezi BLAST a FastA?

BLAST je nástroj ke kontrole podobnosti mezi biologickými sekvencemi. Na druhé straně FastA je další program, který usnadňuje kontrolu podobnosti proteinových a DNA sekvencí. Ve srovnání s FastA je však software BLAST velmi populární, protože přináší přesnější a rychlejší výsledky. To je tedy rozdíl mezi BLAST a FastA. Kromě toho, na rozdíl od FastA, je program BLAST modifikovatelný podle potřeby uživatele. Proto je to další rozdíl mezi BLAST a FastA.

Níže uvedený infographic o rozdílu mezi BLAST a FastA poskytuje více podrobností.

Shrnutí - BLAST vs. FastA

BLAST a FastA jsou dva programy, které umožňují uživateli porovnat jeho sekvenci dotazů se sekvencemi ve stávajících databázích a zkontrolovat podobnosti. Původním účelem FastA bylo porovnat pouze proteinové sekvence. Upravená verze tohoto softwaru však umožňuje srovnání proteinů i sekvencí DNA. Ačkoli FastA je dobrý software, většina lidí používá nástroj BLAST zarovnání, protože je populárnější a poskytuje přesnější a rychlejší výsledky než FastA. Nástroj BLAST je také upravitelný podle požadavků uživatele. Stručně řečeno, toto shrnuje rozdíl mezi BLAST a FastA.

Odkaz:

1. Madden, Thomasi. "Nástroj BLAST Sequence Analysis Tool." Aktuální zprávy o neurologii a neurovědě., Národní lékařská knihovna USA, 15. března 2013. K dispozici zde 

Obrázek se svolením:

1. ”Výsledky CCDC132 Blast” od NCBI Blast - NCBI Blast, (Public Domain) přes Commons Wikimedia  
2. “FAM149A Promoter region (FASTA)” LarsonGCD - vlastní práce, (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia