Rozdíl mezi FISH a CGH

klíčový rozdíl mezi FISH a CGH je to FISH je molekulární technika, která detekuje specifickou sekvenci DNA na chromozomu pomocí fluorescenčně značených sond, zatímco CGH je další molekulární cytogenetická technika, která detekuje změny v genomické DNA.

Cytogenetická analýza hraje v medicíně důležitou roli při detekci chromozomálních abnormalit, jako jsou aneuploidie, delece, duplikace a přesmyky atd. Chromozomální abnormality nakonec vedou k genetickým onemocněním, jako je rakovina, neplodnost, Downův syndrom, Klinefelterův syndrom, Turnerův syndrom, leukémie atd. Existují různé molekulární cytogenetické metody pro detekci výše uvedených defektů a chorob. Mezi nimi jsou FISH (fluorescenční in situ hybridizace) a CGH (srovnávací genomická hybridizace) dvě silné hybridizační techniky. Obě metody však mají klady i zápory.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je FISH 
3. Co je CGH
4. Podobnosti mezi FISH a CGH
5. Srovnání bok po boku - FISH vs CGH v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je FISH?

FISH je technika hybridizace nukleových kyselin prováděná na části nebo části tkáně, v celé tkáni nebo buňkách. Je to metoda založená na sondě. Tato technika závisí na teorii komplementárního párování bází Watson Crick, což vede buď k hybridům DNA - DNA nebo DNA - RNA hybridy, které mohou detekovat mutované geny nebo identifikovat požadovaný gen. Dále tato technika používá jednovláknové DNA sekvence, dvouvláknové DNA sekvence, jednovláknové RNA sekvence nebo syntetický oligonukleotid připravený s použitím translace nick jako sondy, které jsou komplementární k požadovaným genovým sekvencím. Kromě toho nejdůležitějším rysem této techniky je značení sond fluorescenčními barvivy. Sondy se tak vážou s komplementárními částmi chromozomu a usnadňují detekci.

Kromě toho je FISH vysoce citlivou a specifickou metodou. Jedná se tedy o běžnou techniku ​​jak ve výzkumu, tak v diagnostice hematologických malignit a solidních nádorů. FISH však vykazuje nízké rozlišení. Vyžaduje také předchozí znalost cílové abnormality pro navrhování sekvencí sondy.

Obrázek 01: FISH

Existuje mnoho aplikací FISH, zejména v molekulární diagnostice infekčních chorob k identifikaci přítomnosti patogenů a k potvrzení patogenu pomocí molekulární diagnostiky. Kromě toho je FISH běžně používanou technikou v oblasti vývojové biologie, karyotypizace a fylogenetické analýzy a fyzického mapování chromozomů..

Co je CGH?

Srovnávací genomická hybridizace (CGH) je další molekulární cytogenetická technika založená na DNA, která může detekovat změny genomických DNA sekvencí. Metoda je pokročilá metoda, která může analyzovat chromozomové a genové modifikace k detekci změn nebo změn v genomických sekvencích DNA. CGH dále vyžaduje izolaci a fragmentaci DNA z experimentálního vzorku a referenčního vzorku. Vzorky by pak měly být označeny pomocí dvou různých fluorescenčních barviv (obvykle červené a zelené). Později se oba vzorky smísí a nechá se kompetitivní hybridizace. Posledním krokem je analýza vzorků na změny v DNA, jako je zdvojení genu, ztráta genu atd. Zejména měří rozdíly v počtu kopií DNA mezi testovaným vzorkem a kontrolním vzorkem.

Obrázek 02: CGH

Nyní je k dispozici další verze CGH; je to pokročilejší metoda než normální CGH. Jedná se o techniku ​​zvanou CGH založenou na poli nebo aCGH. aCGH umožňuje přesnou identifikaci delecí genu nebo sekvence v mnoha tisících sekvencích v jediném experimentu.

Jaké jsou podobnosti mezi FISH a CGH?

• FISH a CGH jsou dvě molekulární techniky.
• FISH i CGH spoléhají na hybridizaci nukleových kyselin.
• Obě techniky také potřebují navržené sondy pro detekci specifických cílů DNA.
• Používáme je pro prenatální a postnatální diagnostiku genetických chorob.
• Kromě toho jsou FISH i CGH velmi účinnými nástroji ke studiu genomických změn.
• K označení sond používají fluorescenční barviva.

Jaký je rozdíl mezi FISH a CGH?

FISH je in situ hybridizační postup, který používá fluorescenční sondy k detekci specifických sekvencí DNA, zatímco CGH je technika molekulární hybridizace, která detekuje změny genomických sekvencí DNA. To je klíčový rozdíl mezi FISH a CGH.

Kromě toho, FISH vyžaduje předchozí znalost cílové abnormality pro návrh sekvencí sond, zatímco CGH nevyžaduje předchozí znalosti. Další rozdíl mezi FISH a CGH je v tom, že FISH vykazuje omezené rozlišení, zatímco aCGH ukazuje vysoké rozlišení.

Níže uvedený infographic shrnuje rozdíl mezi FISH a CGH.

Shrnutí - FISH vs CGH

FISH a CGH jsou dvě molekulární cytogenetické techniky, které usnadňují detekci požadovaných genových sekvencí. FISH usnadňuje detekci specifické sekvence DNA na chromozomu pomocí fluorescenčně značených sond, zatímco CGH usnadňuje detekci změn v genomické DNA. To je klíčový rozdíl mezi FISH a CGH.

Odkaz:

1. „Hybridizace fluorescence in situ (FISH)“ Nature News, Nature Publishing Group, k dispozici zde.
2. Hester, Susan D, et al. "Porovnání srovnávacích genomických hybridizačních technologií napříč platformami Microarray." Journal of Biomolecular Techniques: JBT, Asociace zařízení pro biomolekulární zdroje, duben 2009, k dispozici zde.

Obrázek se svolením:

1. „Test multiplexu ViewRNA FISH v buňkách Jurkat a HeLa“ od Ryana Jeffse - vlastní práce (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia
2. „Schéma CGH“ od Mbaudise (diskuse) (nahrání) - vlastní práce (CC BY 2.5) přes Commons Wikimedia