Rozdíl mezi dopředným a zpětným primerem

Klíčový rozdíl - vpřed vs reverzní primer
 

Polymerázová řetězová reakce (PCR) je metoda amplifikace DNA, která se používá v aplikacích Molecular Biological. Jedná se o běžně používanou techniku, díky níž se miliony až miliardy kopií DNA sekvence zvláště zajímají. Je to in vitro metoda prováděná v laboratořích. Technika PCR je zcela závislá na komerčně vyráběné DNA polymeráze zvané Taq polymeráza. A také to vyžaduje několik dalších součástí a správnou údržbu teploty. Jednou důležitou součástí jsou primery. Primery jsou krátké sekvence DNA specificky navržené pro cílovou sekvenci DNA. Obvykle mají délku okolo 20 nukleotidů. Taq polymeráza katalyzuje přidání nukleotidů do již existující nukleotidové sekvence. Primery tedy slouží jako výchozí body syntézy nových řetězců. Taq polymeráza funguje pouze ve směru 5 'až 3', proto dochází k syntéze DNA ve stejném směru 5 'až 3'. Protože DNA je dvouvláknová, jsou při PCR zapotřebí dva typy primerů. Jsou známy jako přímý primer a reverzní primer. Přední a zpětné primery se označují na základě směru prodloužení primeru v DNA, když nastane syntéza DNA. Dopředný primer hybridizuje s antisense řetězcem DNA a iniciuje syntézu kladného řetězce genu do směru 5 'až 3'. Reverzní primer nasedá na sense vlákno a zahajuje syntézu komplementárního vlákna kódujícího vlákna; což je řetězec genu ve směru 5 'na 3'. To je klíčový rozdíl mezi dopřednými a zpětnými primery.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je dopředný primer
3. Co je reverzní primer
4. Podobnosti mezi dopředným a zpětným primerem
5. Porovnání vedle sebe - Dopředný a zpětný primer v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je dopředný primer?

Přední orientace je syntéza kódujícího řetězce nebo sense řetězce genu. Polymeráza Taq katalyzuje syntézu nového vlákna ve směru 5 'až 3'. K syntéze kódujícího řetězce dochází, když primer nasedne s nekódujícím nebo antisense řetězcem a protáhne se ve směru 5 'až 3'.

Obrázek 01: Přední a zadní nátěry

Primer, který aneluje s antisense vláknem nebo nekódujícím vláknem nebo templátovým vláknem, je známý jako přímý primer, protože přímý primer působí jako výchozí bod pro syntézu kódování nebo pozitivního řetězce genu. Přední primer má krátkou nukleotidovou sekvenci, která je komplementární k 3 'lemujícímu konci antisense řetězce. Hybridizuje s antisense vláknem a usnadňuje Taq polymerázu k přidání nukleotidů, které jsou komplementární k templátovému vláknu.

Co je reverzní primer?

Reverzní primer je krátká sekvence DNA, která žíhá s 3 'koncem sense vlákna nebo kódujícího vlákna. Reverzní primer slouží jako výchozí bod pro syntézu komplementárního řetězce kódující sekvence nebo nekódující sekvence. Reverzní primer je navržen jako komplementární k 3 'konci kódovacího řetězce. Proto se anelovat s lemujícím 3 'koncem kódujícího řetězce a umožňuje polymerizaci Taq syntetizovat antisense vlákno nebo templátové vlákno. Protože je jeho orientace obráceným způsobem, je tento primer označen jako reverzní primer.

Jak reverzní, tak forwardový primer jsou důležité pro produkci miliónů až miliard kopií konkrétních oblastí DNA, které jsou cílené nebo zainteresované.

Jaké jsou podobnosti mezi dopředným a zpětným primerem?

• Jak dopředný, tak i zpětný primer jsou vyrobeny z oligonukleotidů.
• Jak dopředný, tak reverzní primer mají krátkou nukleotidovou sekvenci komplementární k lemujícím koncům dvojných řetězců DNA.
• Jak dopředný, tak reverzní primer se obvykle skládají z 20 nukleotidů.
• Přední i zpětný primer se používají v polymerázových řetězových reakcích.
• Přední a zpětný primer jsou komerčně syntetizovány.
• Jak dopředný, tak i zpětný primer jsou stabilní při teplotě a obvykle mají podobnou Tm.
• Jak dopředný, tak zpětný primer jsou nasedány cílovou sekvencí DNA.
• Jak dopředný, tak zpětný primer jsou navrženy podle PCR reakcí.
• Přední a zpětný primer jsou slouženy jako výchozí body pro amplifikaci DNA.
• Jak reverzní, tak forwardový primer jsou důležité pro produkci milionů kopií konkrétních oblastí cílených nebo zainteresovaných sekvencí DNA.

Jaký je rozdíl mezi dopředným a zpětným primerem?

Dopředu Primer vs Reverzní primer
Přední primer je krátká sekvence DNA, která hybridizuje s 3 'koncem nekódujícího nebo templátového řetězce genu a slouží jako výchozí bod pro syntézu kódující sekvence.	Reverzní primer je krátká sekvence DNA, která hybridizuje s 3 'koncem kódovacího nebo nontemplate řetězce a slouží jako výchozí bod pro syntézu nekódující sekvence..
Žíhání Strand
Přední žíhání primerů s pramenem šablony.	Reverzní primerové žíhání s vláknem nontemplate.
Výsledek nové sekvence
Přední primer usnadňuje syntézu kódující sekvence.	Reverzní primer usnadňuje syntézu nekódující sekvence.

Shrnutí - vpřed vs reverzní primer

Do PCR techniky jsou zapojeny dva typy primerů. Jsou to přední a zpětné primery. Na základě prodloužení primeru v nové syntéze řetězců DNA jsou tyto primery označeny nebo pojmenovány. Taq polymeráza syntetizuje novou DNA v orientaci 5 'na 3'. Primery jsou tedy navrženy jako komplementární k 3 'koncům dvojitých řetězců. Dopředný primer, který se protahuje ve směru 5 'až 3', hybridizuje s 3 'koncem antisense nebo templátu nebo nekódující sekvence. Slouží jako výchozí bod pro syntézu kódující sekvence. Reverzní primer, který se protahuje ve směru 5 'až 3', hybridizuje s 3 'koncem kódování nebo nontemplate nebo sense vláknem. Slouží jako výchozí bod pro syntézu nekódující sekvence. To je rozdíl mezi dopředným a zpětným primerem.

Odkaz:

1. „Primer (molekulární biologie).“ Wikipedia, Wikimedia Foundation, 20. února 2018. K dispozici zde 
2. „Polymerázová řetězová reakce (PCR).“ Khan Academy. K dispozici zde 

Obrázek se svolením:

1.'Primers RevComp Melted2'By Richard Wheeler (Zephyris) - vlastní práce, (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia