Rozdíl mezi izolací genomové DNA a plazmidové DNA

klíčový rozdíl mezi genomickou DNA a izolací plazmidové DNA je to izolace genomové DNA se zaměřuje na extrakci genomové DNA, zatímco izolace plasmidové DNA se zaměřuje na extrakci plasmidové DNA bakterií.

Izolace DNA je chemický proces, který se používá k izolaci DNA z různých druhů nebo z různých vzorků. Izolace DNA je důležitá v downstream technikách molekulární biologie, jako je gelová elektroforéza, polymerázová řetězová reakce a DNA sekvenční techniky. Proto je izolace DNA nezbytným chemickým procesem v molekulárně biologických studiích. Na základě účelu výzkumu je někdy nutné izolovat genomickou DNA. Některé studie se navíc zaměřují na izolaci plazmidové DNA z bakterií. Izolace genomové DNA je proces izolace genomické DNA z prokaryotického nebo eukaryotického vzorku. Kroky izolace se liší podle typu buňky, ve které se DNA izoluje. Izolace plazmidové DNA je proces izolace plazmidové DNA z bakteriální buňky. Ve srovnání s izolací genomické DNA je celý proces při izolaci plazmidové DNA složitý.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je izolace genomické DNA
3. Co je izolace plazmidové DNA
4. Podobnosti mezi izolací genomické DNA a plazmidové DNA
5. Srovnání bok po boku - izolace genomické DNA vs plazmidová DNA v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je izolace genomické DNA?

Izolace genomové DNA je proces extrakce celé genomické DNA organismu. Tento konkrétní proces zahrnuje tři hlavní události. Jsou to buněčná lýza nebo jaderná lýza, degradace proteinů nebo proteolýza a precipitace genomické DNA. Krok lýzy se může lišit v závislosti na typu buňky. V prokaryontech, protože existuje peptidoglykanová buněčná stěna, prvním krokem by mělo být rozdělení buněčné stěny. Na druhé straně, v eukaryotech, lyzační krok zahrnuje rozpad plazmatické membrány a jaderné membrány, aby se DNA vyjala ven. Naproti tomu speciální kroky jsou nezbytné k lýze buněčných stěn rostlin a hub.

Obrázek 01: Izolace genomové DNA

V důsledku toho, jakmile je krok lýzy dokončen, nakonec DNA přijde k supernatantu. Současně k degradaci proteinu dochází také v roztoku v důsledku přidání proteinázy K. Dalším krokem je oddělení genomové DNA a degradace proteinů od sebe navzájem. Degradované proteiny se tedy oddělují srážením, což umožňuje genomové DNA zůstat v supernatantu. Po vysrážení proteinů lze genomovou DNA vysrážet a resuspendovat ve vhodném pufru, dokud to není nutné pro experiment.

Genomická DNA, což je lineární DNA, obsahuje všechny genetické informace o organismu. Jinými slovy, genom je dědičný materiál živého organismu, který je zodpovědný za všechny strukturální a funkční činnosti buňky. Skládá se z kódujících i nekódujících sekvencí DNA. Při izolaci genomové DNA zahrnuje celý genom organismu.

Co je izolace plazmidové DNA?

Izolace plazmidové DNA je zvláštní a komplikovanější proces izolace DNA. Plazmidy jsou extrachromozomální DNA přítomná ve většině bakteriálních buněk. Jsou to spící cirkulární DNA, která podporuje bakterie, aby přežily v drsných podmínkách prostředí. Plazmidová DNA se skládá ze speciálních rezistentních genů, které poskytují bakteriím další výhody, jako je odolnost vůči antibiotikům, virulence a toxické vlastnosti.

Obrázek 02: Izolace plazmidové DNA

Izolace plazmidové DNA zahrnuje také tři hlavní procesy; buněčná lýza, proteinolýza a srážení DNA. Ačkoli biochemický mechanismus izolace je podobný mechanismu izolace genomické DNA, proces je složitější než proces. Proces lýzy buněk je v tomto postupu nejdůležitějším procesem. Nejdůležitější je, aby se genomická DNA a plazmidová DNA nemíchaly navzájem. Proto mnohem mírnější proces lýzy zahrnuje postup izolace plazmidové DNA. Proto ve většině postupů izolace plazmidové DNA používá detergent; dodecylsulfát sodný pro buněčnou lýzu.

Jaké jsou podobnosti mezi izolací genomické DNA a plazmidové DNA?

• Izolace genomové DNA a plazmidové DNA se zaměřuje na extrakci DNA organismu.
• Také oba sledují stejný celkový proces, který zahrnuje lýzu buněk, degradaci proteinu a srážení DNA.
• Výsledná DNA obou procesů je dále důležitá pro následné procesy.
• Kromě toho oba izolační procesy zahrnují kroky k purifikaci a skladování DNA za specifických skladovacích podmínek.
• Kromě toho se proteináza K používá v obou metodách k degradaci proteinů.

Jaký je rozdíl mezi izolací genomové DNA a plazmidové DNA?

Izolace genomové DNA se zaměřuje na extrakci celé genomové DNA cílového organismu, zatímco izolace plazmidové DNA se zaměřuje na izolaci pouze plazmidové DNA od konkrétního bakteriálního druhu. Toto je tedy klíčový rozdíl mezi izolací genomové DNA a plazmidové DNA. Navíc je v proceduře další rozdíl mezi izolací genomové DNA a plasmidové DNA. Izolace genomové DNA je ve srovnání s izolací plazmidové DNA méně komplikovaným postupem. Proto při izolaci plazmidové DNA je třeba přijmout preventivní opatření, aby se zabránilo vzájemnému smíchání genomové a plazmidové DNA mezi sebou.

Níže uvedená informace poskytuje další podrobnosti o rozdílu mezi izolací genomové DNA a plazmidové DNA.

Shrnutí - Genomic DNA vs Plasmid DNA Isolation

Izolace DNA je důležitým procesem v technikách molekulární biologie. Existují dva typy DNA, jmenovitě genomická DNA a plazmidová DNA (extrachromozomální DNA). Na základě požadavku se některé postupy prováděly za účelem izolace genomové DNA, zatímco některé postupy se zaměřily na izolaci pouze plazmidové DNA z bakterií. Kroky zapojené do obou procesů se tedy od sebe mírně liší. Celkový proces je však v obou izolacích stejný. Izolovaná DNA obou procesů má obrovské využití v následných procesech, jako je klonování, gelová elektroforéza a polymerázové řetězové reakce. Na konci protokolu izolace genomické DNA může být jako konečný produkt izolována celá genomická DNA organismu, zatímco na konci protokolu izolace plazmidové DNA může být plazmidová DNA příslušné bakterie izolována jako konečný produkt. To je tedy rozdíl mezi izolací genomové DNA a plazmidové DNA.

Odkaz:

1. „VYJÁDŘENÍ DNA Z BAKTERIE.“ Extrakce DNA z bakterií. K dispozici zde 

Obrázek se svolením:

1. „Extrakce DNA“ od Joo Nath - vlastní práce, (CC BY-SA 4.0) přes Commons Wikimedia 
2. "Plasmid miniprep" Autor Retama - vlastní práce, (CC BY-SA 4.0) přes Commons Wikimedia