Rozdíl mezi genotypováním a sekvenováním

Klíčový rozdíl - genotypizace vs. sekvenování
 

Genotypizace a sekvenování jsou dvě techniky prováděné za účelem získání informací o nukleových kyselinách, zejména o DNA organismu. Klíčovým rozdílem mezi genotypizací a sekvencováním je to genotypizace je proces určení, která genetická varianta má jedinec pomocí markerů, zatímco sekvenování je stanovení správného pořadí nukleotidové sekvence v daném fragmentu DNA.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je genotypizace
3. Co je sekvenování
4. Srovnání bok po boku - genotypizace vs. sekvenování
5. Shrnutí

Co je genotypizace?

Genotypizace je stanovení genetického složení jedince pomocí sekvence DNA a markerů a porovnání a identifikace jeho dědičnosti. Genotypizace je důležitá v evoluční biologii, populační biologii, taxonomii, ekologii a genetice organismů. Může být provedeno různými technikami včetně sekvenování DNA, polymerázové řetězové reakce, polymorfismu s délkou restrikčních fragmentů (RFLP), náhodně amplifikované polymorfní detekce, polymorfismu s délkou amplifikovaných fragmentů (AFLP), DNA microarrays atd..

Genotypizace zahrnuje sekvenování konkrétních malých fragmentů sekvencí DNA a zjištění příbuznosti genetického složení s jinými jedinci pomocí genetických markerů. Určuje jednotlivé nukleotidové polymorfismy (SNP) mezi jednotlivci nebo specifickými alelami. Genotypizace je použitelná pro širokou škálu organismů včetně lidí. Je také použitelný na mikroorganismy, jako jsou viry, houby atd. A lze jej použít k určení jejich genetických variant pomocí referenčních profilů. V molekulární epidemiologii a forenzní mikrobiologii se kontrola patogenů, zejména mikroorganismů, provádí na základě informací získaných z genotypizace. Genotypizace je v analýze rodokmenů velmi důležitá. Lidé jsou genotypováni, aby potvrdili mateřství a otcovství. Genotyp odhalí dominantní a recesivní alely genů, které rozhodují o specifických vlastnostech.

Obrázek_1: RFLP Genotyping

Co je sekvenování?

Sekvenování je proces stanovení správného pořadí nukleotidů v daném fragmentu DNA nebo RNA. Prakticky všechny informace potřebné pro růst a vývoj organismu jsou zakódovány v jeho genomu. Dostupnost technik produkce a separace několika stovek nukleotidových fragmentů nukleových kyselin vedla k vývoji postupů pro stanovení přesné nukleotidové sekvence daného fragmentu DNA nebo RNA. Dnes jsou k dispozici různé typy sekvenčních metod. Tyto metody sekvenování společně s technologiemi pro konstrukci genomových knihoven představujících celý genom organismu usnadňují sekvenování celého genomu tohoto organismu, provádějí hloubkovou analýzu genových struktur, genových funkcí, umístění genů, genové exprese, genové mapování, regulační oblasti genů atd.

Celkový genom mnoha virů, několika bakterií, archaebakterií, kvasinek a několika dalších organismů byl sekvenován a mapován. Projekt lidského genomu umožnil sekvenci a mapování celého lidského genomu a zveřejnění jeho prvního návrhu v roce 2003. Je to významný mezník v rozvoji biologie. Lidské genomové sekvence se nyní používají v lékařském sektoru k identifikaci genetických příčin vzácných onemocnění, screeningu rizika onemocnění u novorozenců, identifikaci genetických údajů o různých rakovinách, vývoji nových léčiv a vývoji nových diagnostických nástrojů atd..

Ve světě rostlin byly sekvenovány genomy rýže a Arabidopsis. Znalost těchto sekvencí nepochybně způsobí revoluci v našem chápání fungování buněk a organismů.

Obrázek_2: Autorádiograf sangerových sekvencí

Jaký je rozdíl mezi genotypováním a sekvenováním?

Genotypizace vs. sekvenování
Genotypizace je proces určování genetického složení jedince a kontroly skupiny nebo taxonomie tohoto organismu.	Sekvenování je proces stanovení přesného pořadí nukleotidů daného DNA nebo RNA fragmentu.
Techniky
RFLP, genové sekvenování, PCR, DNA microarrays, AFLP atd.	Sangerovo sekvenování, Gilbertovo sekvenování, pyrosekvenování, sekvenování příští generace, sekvenování brokovnic atd.
Velké obavy
To je více znepokojeno tím, zda rozdíly v genotypech dávají skutečné fenotypové rozdíly.	To se více týká řádu nukleotidů a jeho rozdílů a změn oproti jiným organismům.

Shrnutí - Genotyping vs Sequencing

Genotypizace a sekvenování jsou užitečné pro studium genetických informací o organismech. Genotypizace je proces stanovení genotypových variací mezi jednotlivci a nalezení jejich kategorií. Sekvenování je proces určování správného pořadí nukleotidů v zainteresovaném fragmentu nebo oblasti DNA. Obě techniky poskytují důležité informace o genech a genomech.

Odkaz:
1. „Metody genotypizace.“ Metody v molekulární biologii (Clifton, N.J.). U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 20. února 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin a M. D. Shriver. "Analýza křivek tání SNP (McSNP ): Gel-free a levný přístup pro genotypizaci SNP." BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. Web.

Obrázek se svolením:
1. „Genotypizace RFLP“ Autor (neznámý) - Národní zdravotnické ústavy (Public Domain) prostřednictvím Commons Wikimedia
2. „Radioaktivní zářivka“ od Abizara na anglické Wikipedii (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia