Rozdíl mezi překladem Nick a rozšířením primerů

Key Difference - Nick Translation vs Primer Extension
 

Překlad Nick a extenze primerů jsou dvě důležité techniky prováděné v molekulární biologii. Klíčový rozdíl mezi překladem nicku a rozšířením primeru je ten proces translace nick vytváří produkované značené sondy pro jiné hybridizační techniky zatímco metoda extenze primerů identifikuje specifickou RNA sekvenci ze směsi a odhaluje informace o expresi mRNA. Obě techniky mají velký význam a běžně se provádějí v laboratořích molekulárního výzkumu.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je to Nick Translation
3. Co je Primer Extension
4. Srovnání vedle sebe - Nick Translation vs Primer Extension
5. Shrnutí

Co je Nick Translation?

Translace Nick je důležitá technika používaná k přípravě značených sond pro různé techniky molekulární biologie, jako je například přenos, in situ hybridizace, fluorescenční in situ hybridizace atd. Jedná se o in vitro metoda značení DNA. Sondy DNA se používají k identifikaci specifických sekvencí DNA nebo RNA. Pomocí značené sondy mohou být specifické fragmenty značeny nebo vizualizovány z komplexní směsi nukleových kyselin. Značené sondy se proto připravují za použití různých technik, které se používají pro různé techniky. Translace Nick je jednou z takových metod, která produkuje značené sondy pomocí enzymů DNáza 1 a DNA polymeráza 1.

Proces translace Nick začíná enzymatickou aktivitou DNázy 1. DNáza 1 zavádí do fosfátového hlavního řetězce dvouřetězcové DNA zánik štěpením fosfodiesterových vazeb mezi nukleotidy. Jakmile je vytvořen nick, získá se volná 3 'OH skupina nukleotidu a enzym DNA polymerázy 1 na ni bude působit. 5 'až 3' exonukleázová aktivita DNA polymerázy 1 odstraňuje nukleotidy z nicku směrem k 3 'směru DNA řetězce. Současně funguje polymerázová aktivita enzymu DNA polymeráza 1 a přidává nukleotidy, které nahrazují odstraněné nukleotidy. Pokud byly nukleotidy značeny, dojde k nahrazení značenými nukleotidy a označí DNA pro identifikaci. Tato nově syntetizovaná značená DNA může být použita jako sondy v různých hybridizačních reakcích v Molecular Biology.

Obrázek 01: Proces překladu Nick

Co je Primer Extension?

Prodloužení primeru je technika, která se používá k nalezení specifické RNA sekvence ze směsi RNA a nalezení 5 'konce transkriptu mRNA. Používá se také ke studiu struktury RNA a exprese. Metoda prodloužení primeru se provádí se značenými primery nebo se značenými nukleotidy. Pokud se použijí značené primery, vylučuje to nutnost značení nukleotidů, které se používají pro syntézu cDNA. V této technice je několik kroků. Začíná to extrakcí RNA ze vzorku. Potom se ke směsi přidá značený oligonukleotidový primer spolu s nezbytnými složkami pro syntézu cDNA specifické RNA sekvence. Primerové žíhání s komplementární sekvencí ze směsi. Při použití sekvence anelovaného primeru jako templátu syntetizuje enzym reverzní transkriptáza komplementární DNA (cDNA) RNA sekvence. Žíhání primerů a reverzní transkripce nastávají pouze tehdy, je-li ve vzorku přítomna specifická sekvence RNA. Nakonec, když se provádí denaturační gelová elektroforéza, může být stanovena velikost RNA sekvence. Je také snadné najít +1 bázi mRNA (místo iniciace transkripce) pomocí metody extenze primeru. Množství mRNA přítomné ve vzorku může být kvantifikováno touto metodou, pokud je použit přebytek primeru.

Obrázek 02: Prodloužení primeru

Jaký je rozdíl mezi Nick Translation a Primer Extension?

Nick Translation vs Primer Extension
Translace Nick je proces, který vytváří značené DNA sondy pro různé hybridizační reakce.	Prodloužení primeru je technika používaná k nalezení specifické RNA nebo ke studiu genové exprese.
Použité enzymy
Používají se enzymy DNáza 1 a DNA polymeráza.	Používá se enzym reverzní transkriptázy.
Důležitost
Přezdívka usnadňuje označení specifické sekvence DNA.	Rozšíření primeru umožňuje detekci specifické velikosti sekvence mRNA a množství přítomného ve vzorku.

Shrnutí - Nick Translation vs Primer Extension

Překlad Nick je metoda používaná k syntéze značených sond na základě aktivit DNáz 1 a E-coli Enzymy DNA polymerázy 1. Je to in vitro metoda použitá v laboratořích před různými hybridizačními technikami. Během translace nicku 5'-3 'exonukleázová aktivita DNA polymerázy 1 odstraní nukleotidy před nickem a polymerázová aktivita DNA polymerázy 1 nahradí odstraněné nukleotidy značenými nukleotidy za nickem. Prodloužení primeru je metoda, která se používá k detekci specifického transkriptu RNA ze směsi a kvantifikaci velikosti a množství požadované RNA. To je rozdíl mezi překladem nicku a prodloužením primeru.

Reference
1. Reid, Alexi. "Nick Translation." Springer. N.p., n.d. Web. 18. dubna 2017
2. „Rozšíření primeru“. Národní diagnostika. N.p., n.d. Web. 19. dubna 2017
3. Kuo, M. T. a W. Plunkett. "Nick-translace metafázových chromozomů: in vitro značení nukleázových hypersenzitivních oblastí v chromozomech." Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. U.S. National Library of Medicine, únor 1985. Web. 19. dubna 2017
4. Raymond a kol. "Jednoduchý kvantitativní test s prodloužením primerů pro přímé monitorování mikroRNA a krátce interferujících RNA." RNA. Copyright 2005 by RNA Society, listopad 2005. Web. 19. dubna 2017

Obrázek se svolením:
1. „Primer Extension Assay“ autorem Jjnmmnjj - vlastní práce (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia