Rozdíl mezi proteomikou a transkripttomikou

Klíčový rozdíl - proteomika vs Transcriptomics
 

Omická technologie je současným trendem, kdy se na různé biomolekuly organismu pohlíží jako na celou sbírku s ohledem na jeho vlastnosti a funkce. Omic technologie má širokou škálu aplikací. Různé omicsy biologického vzorku zahrnují genomiku, proteomiku, transkriptomiku a metabolomiku. Proteomika zahrnuje kompletní studium všech proteinů v živém organismu. Je definován jako soubor všech exprimovaných proteinů v organismu, jeho strukturální a funkční vlastnosti. Kompletní sada proteinů tedy tvoří proteom. Transcriptomics je kompletní studium všech messenger RNA (mRNA) molekul přítomných v živém organismu. Transcriptomika se tedy zabývá geny, které jsou aktivně exprimovány v živém organismu. Celková sada mRNA v živém organismu se označuje jako transkript. klíčový rozdíl mezi proteomikou a transkriptomiky je založen na typu biomolekuly. V proteomice je studována celková množina exprimovaných proteinů v živém organismu, zatímco v transkriptomice je studována celková mRNA živého organismu.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je to proteomika
3. Co je to transkripttomika
4. Podobnosti mezi proteomikou a transkripttomikou
5. Porovnání vedle sebe - proteomika vs. transkripttomika v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je to proteomika?

Termín proteomika byl vytvořen v roce 1995 a původně byl definován jako celkový proteinový doplněk v buňce, tkáni nebo organismu. S pokrokem v proteomických studiích byl poté upraven tak, aby byl považován za zastřešující pojem, do kterého bylo zahrnuto mnoho studijních oborů. V současné době je v rámci tématu proteomika studována struktura, orientace, funkce, její interakce, její modifikace, její aplikace a význam proteinů. Proto je v současnosti prováděno mnoho výzkumů v oblasti proteomiky.

Byly provedeny první proteomické studie k identifikaci obsahu proteinu v Escherichia coli. Mapování celkového obsahu proteinu bylo provedeno pomocí dvourozměrných (2D) gelů. Po úspěchu vědci pokračovali v charakterizaci celkového obsahu bílkovin u zvířat, jako jsou morčata a myši. V současné době je mapování lidských proteinů prováděno pomocí 2D gelové elektroforézy.

Aplikace proteomiky

Studium proteomiky má mnoho výhod, protože proteiny jsou vládnoucí molekuly většiny aktivity kvůli katalytické vlastnosti proteinů. Studie celých bílkovin tak může poskytnout informace týkající se zdravotního stavu organismu. Některé aplikace jsou;

1. Anotace genomu: Studiem obsahu bílkovin v organismu lze určit přesné genomy odpovědné za aktivní proteinovou sloučeninu. V tomto scénáři jsou důležité výsledky ze všech genomik, transkripttomik a proteomik.
2. Identifikace / diagnostika onemocnění: Proteomika se používá k identifikaci chorobného stavu porovnáním zdravých a nemocných
3. Provést proteinová exprese studoval během experimentu.
4. Modifikace proteinů a studie interakcí: K použití proteinů v in vitro podmínky nebo in vivo podmínek, rozhodnout o podmínkách skladování těchto extrahovaných proteinů a studovat chování proteinu v in vitro, in vivo a in - silico metody.

Obrázek 01: Proteomika

V proteomice jsou zapojeny různé techniky

1. Extrakce celkového proteinu a separace proteinů pomocí 2D gelové elektroforézy. Proteiny lze také oddělit pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie (HPLC).
2. Sekvenování extrahovaných proteinů pomocí metod, jako je Edmundova sekvenční metoda nebo hmotnostní spektrometrie.
3. Jakmile jsou sekvence identifikovány, strukturální a funkční vlastnosti obsahu proteinu jsou analyzovány pomocí počítačového softwaru a nástrojů bioinformatiky.

Co je transkripttomika?

Transkripční termín je vytvořen nedávno. Transcriptomika je studium celkového obsahu mRNA v organismu. Celková mRNA je exprimovaná DNA v živém organismu nebo buňce. Kompletní soubor mRNA se označuje jako transkript.

Kroky k analýze transkriptu zahrnují,

1. Extrakce RNA, separace mRNA pomocí sloupcové gelové chromatografie s poly DT kuličkami.
2. Je provedeno sekvenování mRNA.

Technologie Microarray je jedním z běžných způsobů identifikace transkriptu organismu. Technika mikročipu zahrnuje desku sondy s komplementárními vlákny transkriptu. Po hybridizaci lze charakterizovat mRNA přítomnou v organismu nebo buňkách.

Obrázek 02: Transkriptomické techniky

Transcriptomika je nyní široce používána v lékařské oblasti. Diagnostika nemocí a profilování nemocí jsou hlavními oblastmi, ve kterých se používá transkripttomika. Analýzou transkriptomu organismu lze identifikovat cizí mRNA, a pokud existují nějaké infekce, lze ji identifikovat. Nekódující RNA lze oddělit pomocí transkripttomických technologií. A také může být sledována exprese genů při různých environmentálních stresech.

 Jaké jsou podobnosti mezi proteomikou a transkripttomiky?

• Oba jsou součástí konceptu omické technologie.
• Oba se používají při diagnostice nemocí a při charakterizaci nemocí organismu.
• Obě studijní oblasti zahrnovaly extrakci biomolekuly, separaci biomolekuly a kroky sekvenování.

Jaký je rozdíl mezi proteomikou a transkripttomiky??

Protemics vs Transcriptomics
Proteomika zahrnuje kompletní studium všech proteinů v živém organismu.	Transcriptomics je kompletní studium všech messenger RNA (mRNA) molekul přítomných v živém organismu.
Studovaný typ biologické molekuly
Proteiny jsou studovány v proteomice.	mRNA jsou studovány v transkriptomice.
Faktory studovány
Struktura, funkce, interakce, modifikace a aplikace proteinů jsou studovány v proteomice.	Struktura sekvence, interakce s prostředím a aplikace mRNA jsou studovány v transkriptomice.

Shrnutí - Proteomika vs Transcriptomics 

Omics hrají důležitou roli v oblasti věd o životě. Proteomika odkazuje na studium proteomu, který tvoří kompletní soubor proteinů v buňce nebo organismu. Transcriptomika označuje studium transkriptomu, který je úplnou sadou exprimované DNA ve formě mRNA. Obě studijní oblasti, proteomika a transkrtomtomika, byly odvozeny po zavedení genomiky a v současné době se široce používají v lékařské diagnostice a charakterizaci a screeningu organismů. To je rozdíl mezi proteomikou a transkripttomikou.

Stáhněte si PDF Proteomics vs Transcriptomics

Můžete si stáhnout PDF verzi tohoto článku a použít ji pro účely offline podle citace. Stáhněte si prosím verzi PDF zde: Rozdíl mezi proteomikou a transkriptomikou

Odkaz:

1.Horgan, Richard P a Louise C Kenny. „Omické technologie: genomika, transkripttomika, proteomika a metabolomika.“ Porodník a gynekolog, Blackwell Publishing Inc, 18. července 2011. K dispozici zde  
2.Graves, Paul R. a Timothy A. J. Haystead. "Průvodce molekulární biologie k proteomice." Recenze mikrobiologie a molekulární biologie, Americká společnost pro mikrobiologii, březen 2002. K dispozici zde
3.Lowe, Rohan, et al. „Transcriptomické technologie.“ PLoS Computational Biology, Public Library of Science, květen 2017. K dispozici zde  

Obrázek se svolením:

1.'Proteomics'By Xxl7441 v angličtině Wikibooks - Převedeno z en.wikibooků na Commons., (Public Domain) přes Commons Wikimedia
2.'Mikroarray a sekvenční toková buňka'By Thomas Shafee - vlastní práce, (CC BY 4.0) přes Commons Wikimedia