Rozdíl mezi QTL a GWAS

klíčový rozdíl mezi QTL a GWAS spoléhá na typ sekvencí použitých v analýze. QTL používá vazebné genové lokusy k analýze fenotypových znaků spojených s polygenní dědičností, zatímco GWAS používá celé genomové sekvence k analýze jednotlivých nukleotidových polymorfismů konkrétního stavu.

QTL mapy a GWAS hrají důležitou roli v genetických analýzách pro různé rysy. Kromě toho jsou důležité při analýze různých chorobných stavů s neznámou etiologií. Kromě toho hraje sekvence v obou technikách klíčovou roli. Tyto techniky mohou být dále spojeny s jinými technikami s vysokou propustností pro zvýšení přesnosti a přesnosti.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je QTL 
3. Co je GWAS
4. Podobnosti mezi QTL a GWAS
5. Porovnání vedle sebe - QTL vs. GWAS v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je QTL?

QTL znamená Kvantitativní znakové zaměření. Je to oblast DNA spojená s fenotypovou vlastností. Obecně QTL způsobuje polygenní účinky. Distribuce QTL se mění a počet QTL naznačuje stupeň variace konkrétního fenotypového znaku. Kromě toho obvykle kódují základní vlastnosti souvislých znaků a nikoli diskrétní znaky.

Po identifikaci oblastí QTL je důležité sekvenci určité oblasti QTL. Navíc, aby se usnadnilo vyšetřování a výzkum, probíhá sekvenování a ukládání sekvenčních dat společných oblastí QTL se zapojením bioinformatiky. Tuto techniku ​​nazýváme QTL mapování. Následně se vytvoří databáze se sekvencemi oblastí QTL.

Obrázek 01: Skenování QTL

Kromě toho se aplikace QTL sekvencí spoléhají hlavně na nástroj BLAST, kde lze určit podobnost sekvence. Je důležité při odvozování vztahů mezi organismy. Dále je důležité při určování složitosti konkrétního polygenního fenotypu. Určuje také vývoj konkrétní vlastnosti.

V současné době je analýza QTL kombinována s dalšími vysokovýkonnými technikami, jako jsou DNA microarrays. To je důležité při analýze exprese fenotypu. V současné době mají vědci velký zájem o vývoj databáze QTL, protože oblasti QTL jsou zodpovědné za mnoho důležitých rysů různých druhů.

Co je GWAS?

GWAS znamená Genome Wide Association Study. Vztahuje se také na celé asociační studie genomu. Tyto studie se zaměřují hlavně na observační studie. Analyzuje genetické varianty různých jedinců obvykle spojených se specifickou vlastností. Kromě toho je pro analýzu GWAS důležitý celý genom.

Obrázek 02: GWAS

GWAS je důležitým nástrojem pro analýzu polymorfismů s jedním nukleotidem spojeným s různými chorobnými stavy. Toto je také srovnávací studie různých jednotlivých nukleotidových polymorfismů v široké populaci. Kromě toho je vzorek studie GWAS velmi vysoký; proto také vezme formát průřezové kohortové studie.

Dále byla provedena první studie GWAS s ohledem na infarkt myokardu a analýzu genů spojených s infarktem myokardu. V současnosti hraje GWAS důležitou roli při určování genetického pozadí komplexních onemocnění s neznámou etiologií.

Jaké jsou podobnosti mezi QTL a GWAS?

• Pro analýzu se spoléhají na data DNA sekvencí.
• Oba jsou spojeni s genetickým pozadím různých postav.
• Dále vyžadují bioinformatické nástroje k odvození a interpretaci výsledků.
• Jsou prováděny na velkých populacích.

Jaký je rozdíl mezi QTL a GWAS?

QTL analyzuje fenotypové rysy spojené s polygenní dědičností pomocí spojených genových lokusů, zatímco GWAS analyzuje jednotlivé nukleotidové polymorfismy určitého stavu pomocí celých genomových sekvencí. Toto je klíčový rozdíl mezi QTL a GWAS. QTL mapování je poměrně méně komplikovanou technikou než GWAS, protože vyžaduje sekvenování celého genomu.

Níže uvedený infographic shrnuje rozdíl mezi QTL a GWAS v tabulkové formě.

Shrnutí - QTL vs. GWAS

Mapování QTL a GWAS hrají hlavní roli při určování genetického pozadí různých fenotypových znaků. Pomáhají také při analýze genetického pozadí různých nemocí. Mapování QTL mapuje vazebné geny odpovědné za kontinuální znaky a také zahrnuje mapování polygenních dědičných genů. GWAS se naproti tomu provádí s analýzou celého genomu na polymorfismy jednotlivých nukleotidů. K tomu navíc dochází u větší populace. Toto je shrnutí rozdílu mezi QTL a GWAS.

Odkaz:

1. Liu, Ruixian, et al. "GWAS analýza a QTL identifikace kvalitativních vlastností vláken a výnosových komponentů v bavlně uplandu pomocí obohacených značek SNP s vysokou hustotou." Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13. září 2018, k dispozici zde.
2. „GWAS Vs. Qtl Mapování? “ Nejnovější příspěvky, k dispozici zde.

Obrázek se svolením:

1. „Příklad genomového QTL-skenování z PLoS Biology“ autorem - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Vazba osteoporózy na chromozom 20p12 a asociace s BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) přes Commons Wikimedia
2. „Účinky alely nemoci GWAS“ od Bush WS a Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Kapitola 11: Studie asociace genomů. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) prostřednictvím Commons Wikimedia