Rozdíl mezi kořenovým a nekořeneným fylogenetickým stromem

Klíčový rozdíl - kořenový vs. nekorenovaný fylogenetický strom
 

Fylogeneze je důležité pole, které zkoumá život na Zemi v průběhu času. Odkrývá spojení mezi organismy s jejich předky a potomky. Vztahy mezi organismy jsou schematicky znázorněny různými stromovými reprezentacemi, jako jsou dendogram, kladogram, fenogram, fylogram atd. Fylogenetický strom je větvící stromovitý diagram, který vysvětluje fylogenetické vztahy mezi organismy s množstvím evoluční vzdálenosti. Existují dva hlavní typy fylogenetických stromů známé jako kořeny a kořeny. Klíčovým rozdílem mezi kořenovým a nekořeneným fylogenetickým stromem je to kořenový strom ukazuje nejzákladnějšího předka stromu zatímco bez kořene fylogenetický strom neukazuje kořen předků.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je zakořeněný fylogenetický strom
3. Co je nerootovaný fylogenetický strom
4. Srovnání bok po boku - zakořeněný vs. nekorenovaný fylogenetický strom
5. Shrnutí

Co je zakořeněný fylogenetický strom?

Zakořeněný fylogenetický strom slouží jako užitečný diagram, který ukazuje evoluční historii. Má bazální uzel, který se nazývá kořen, který představuje společného předka všech skupin stromu. Kořen stromu je považován za nejstarší bod ve stromu, který představuje posledního společného předka všech skupin obsažených ve stromu. Zakořeněný strom tedy ukazuje směr evolučního času. Z jediného druhu kořenového stromu lze nalézt společného předka nebo předka druhu sledováním zpět k bazálnímu uzlu. Protože zakořeněný strom zobrazuje směr evolučního času, je snadné najít starší nebo novější skupiny, které má. Kořenový strom lze použít ke studiu celé skupiny organismů. Přesné zakořenění fylogenetického stromu je důležitým a rozhodujícím faktorem, protože nepřesné zakořenění může mít za následek nesprávné interpretace genetických změn mezi organismy a jejich směrování vývoje..

Obrázek 01: Zakořeněný fylogenetický strom

Co je nerootovaný fylogenetický strom?

Nekořeněný fylogenetický strom je fylogenetický diagram, který postrádá společného předka nebo bazální uzel. Tento typ stromu nenaznačuje původ vývoje zájmových skupin. Zobrazuje pouze vztah mezi organismy bez ohledu na směr evoluční časové linie. Proto je obtížné studovat vývojové vztahy skupin s ohledem na čas pomocí nekořeneného stromu.

Existují dva hlavní způsoby, jak zakořenit nezakořeněný fylogenetický strom. Oni jsou

• Hledání outgroup - To vyžaduje předchozí znalosti o vztazích mezi taxony. Pak může být taxon, který leží mimo skupinu, použit jako outgroup k zakořenění kořenového fylogenetického stromu

• Nalezení středu nebo vzdálenosti - střed dvou nejvzdálenějších dvou taxonů ve stromu lze považovat za kořen fylogenetického stromu.

Obrázek 02: Nekořenený fylogenetický strom

Jaký je rozdíl mezi zakořeněným a nezakořeneným fylogenetickým stromem??

Zakořeněné vs. nekorenované fylogenetické stromy
Zakořeněný fylogenetický strom je diagram, který ukazuje posledního společného předka skupin.	Nekořeněný fylogenetický strom ukazuje vztahy mezi organismy, aniž by ukazoval společného předka.
Uzel
Má uzel (root).	Nemá uzel.
Směr evoluce
Má směr k označení evolučního času.	Neurčuje evoluční vztah.
Postoj k ostatním
Strom umožňuje určit vztah mezi předky a potomky mezi skupinami.	Strom neumožňuje mluvit o vztahu předek a potomek.

Shrnutí - zakořeněné vs nekoridovaný fylogenetický strom

Fylogenetický strom představuje evoluční cesty a spojení mezi organismy pomocí rozvětvených stromových diagramů. Fylogenetický kmen může být zakořeněn nebo zakořeněn. Kořenový strom má na základně uzel představující společného předka, který spojuje všechny zájmové skupiny. Nekořeněný strom ukazuje vztahy mezi organismy. Nezobrazuje však společného předka, který všechny skupiny sdílejí. Toto je rozdíl mezi kořenovým a nekořeneným fylogenetickým stromem.

Reference:
1. Fakta o „stromech“: zakořeněné versus nekořeněné stromy. “ Národní centrum pro biotechnologické informace. U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 04. dubna 2017
2. Graham, Sean W., Richard G. Olmstead a Spencer C. H. Barrett. "Zakořenění fylogenetických stromů se vzdálenými outgroupy: případová studie z komelinoidních monokoků." Molekulární biologie a vývoj. Oxford University Press, 1. října 2002. Web. 04. dubna 2017