Rozdíl mezi podobností a identitou v sekvenčním sladění

klíčový rozdíl mezi podobností a identitou v sekvenčním zarovnání je to podobnost je podobnost (podobnost) mezi dvěma sekvencemi ve srovnání, zatímco identita je počet znaků, které se přesně shodují mezi dvěma různými sekvencemi.

Bioinformatika je interdisciplinární obor vědy, který zahrnuje zejména molekulární biologii a genetiku, informatiku, matematiku a statistiku. Seřazení sekvencí je v bioinformatice hlavním pojmem. Je to postup, ve kterém jsou sekvence DNA, RNA nebo proteinu uspořádány k identifikaci oblastí podobnosti, která je důsledkem funkčního, strukturálního nebo evolučního vztahu mezi sekvencemi. Na konci zarovnání budou zobrazeny jako řádky v matici. Za účelem zarovnání identických znaků v následných kolorech jsou mezi zbytky přítomny vložené mezery.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je podobnost v sekvenčním sladění
3. Co je to identita v sekvenčním zarovnání
4. Podobnosti mezi podobností a identitou v sekvenčním sladění
5. Porovnání vedle sebe - podobnost vs identita v sekvenčním zarovnání v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je podobnost?

Podobnost v zarovnání sekvence je podobností mezi dvěma sekvencemi při porovnání. Tato skutečnost závisí na identitě sekvencí. Podobnost ukazuje, do jaké míry jsou zbytky zarovnány. Podobné sekvence tedy obsahují podobné vlastnosti. V bioinformatice je podobnost nástrojem k posouzení podobnosti mezi dvěma proteiny.

Obrázek 01: Podobnost v sekvenčním seřazení

Proces zarovnání sekvence jsou dva hlavní kroky. Počáteční krok je párové zarovnání, které pomáhá najít optimální zarovnání mezi dvěma sekvencemi (včetně mezer) pomocí algoritmů, jako jsou BLAST, FastA a LALIGN. Algoritmus párování najde minimální počet operací úprav; in-dels a substituce za účelem zarovnání jedné sekvence s druhou sekvencí. Po párovém zarovnání je nutné získat dva kvantitativní parametry z každého párového porovnání. Jsou to identita a podobnost.

Co je to identita?

Identita v sekvenčním zarovnání je počet znaků, které se přesně shodují mezi dvěma různými sekvencemi. Mezery se tedy při hodnocení identity nezapočítávají. Měření se považuje za vztah k kratší sekvenci mezi dvěma sekvencemi. Výrazně to znamená, že má účinek tam, kde sekvenční identita není tranzitivní. Pokud X = Y a Y = Z, pak X se nemusí nutně rovnat Z. To je odvozeno z míry vzdálenosti identity.

Obrázek 02: Identity in Seignence Alignment

Například X má sekvenci AAGGCTT, Y má sekvenci AAGGC a Z má sekvenci AAGGCAT. Identita mezi X a Y je 100% 5 identických nukleotidů / min [délka (X), délka (Y)]. Identita mezi Y a Z je také 100%. Ale identita mezi X a Z je pouze 85% (6 identických nukleotidů / 7).

Jaké jsou podobnosti mezi podobností a identitou v sekvenčním sladění?

• Podobnost i identita jsou dva termíny, které používáme při sekvenčním zarovnání.
• Také odkazují na podobnost mezi oběma sekvencemi.
• Navíc je vyjadřujeme jako procentuální hodnotu.

Jaký je rozdíl mezi podobností a identitou v sekvenčním sladění?

Podobnost v zarovnání ukazuje podobnost mezi dvěma sekvencemi při porovnání, zatímco identita v zarovnání sekvencí říká množství znaků, které se přesně shodují mezi dvěma různými sekvencemi. Toto je tedy klíčový rozdíl mezi podobností a identitou v sekvenčním zarovnání.

Shrnutí - podobnost vs identita v sekvenčním zarovnání

Seřazení sekvencí pomáhá identifikovat oblasti podobnosti v DNA, RNA nebo proteinu, které jsou výsledkem funkčního, strukturálního nebo evolučního vztahu mezi sekvencemi. Podobnost a identita jsou tedy dva klíčové výrazy v kontextu sekvenčního zarovnání. Klíčovým rozdílem mezi těmito dvěma termíny je, že podobnost je podobností mezi dvěma sekvencemi ve srovnání, zatímco identita je počet znaků, které se přesně shodují mezi dvěma různými sekvencemi. Toto je shrnutí rozdílu mezi podobností a identitou v sekvenčním zarovnání.

Odkaz:

1. „Identita a podobnost - kvantitativní opatření.“ Identita a podobnost - kvantitativní opatření, k dispozici zde.
2. „Seřazení sekvencí“. Seřazení sekvencí - Bioinformatika.Org Wiki, k dispozici zde.

Obrázek se svolením:

1. „Fylogeneze založená na zarovnávání a zarovnávání“ Kolekar Pandurang - vlastní práce (CC BY 3.0) přes Commons Wikimedia
2. „Ukázkový výstup BLAST“ od Fdardela - vlastní práce (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia