Rozdíl mezi proti směru a proti směru toku DNA

Klíčový rozdíl - proti směru a proti směru DNA
 

Je důležité mít obecné znalosti o složení a struktuře DNA, abychom pochopili rozdíl mezi DNA před a za DNA. DNA je složena z polynukleotidových řetězců. Nukleotidy jsou stavební bloky, které vytvářejí polynukleotidové řetězce a každý nukleotid je vyroben ze tří složek: cukr s pěti uhlíky, dusíkatá báze a fosfátová skupina. Fosfátová skupina a skupina OH jsou připojeny k 5 'poloze uhlíku a 3' poloze uhlíku molekuly cukru v nukleotidu. Nukleotidy jsou spojeny fosfodiesterovými vazbami vytvořenými mezi 5 'fosfátovou skupinou jednoho nukleotidu a 3' OH skupinou sousedního nukleotidu. Pokud má polynukleotidový řetězec volnou 5 'fosfátovou skupinu, je přiřazen jako 5' konec; pokud má volnou 3 'OH skupinu, je přiřazena jako 3' konec. Proto mají řetězce DNA obvykle 5 'a 3' konce podle koncových poloh polynukleotidových řetězců. DNA také existuje jako dvouvláknová forma. Dva prameny jsou proti sobě navzájem rovnoběžné. Proto má DNA dva řetězce, které probíhají ve směru 5 'až 3' a 3 'až 5'. Upstream a downstream DNA se označuje s odkazem na transkripci a syntézu 5 'až 3' řetězce mRNA. Pokud je DNA považována za 5 konec kódovacího řetězce z místa iniciace transkripce, je známa jako upstream DNA. Pokud je DNA považována za 3 'konec od kódujícího řetězce z místa iniciace transkripce, je známa jako downstream DNA. Toto je klíčový rozdíl mezi protisměrnou a protisměrnou DNA.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je Upstream DNA
3. Co je downstream DNA
4. Porovnání vedle sebe - proti směru a proti směru DNA
5. Shrnutí

Co je Upstream DNA?

Gen je dědičnost strukturální a funkční jednotky, která je umístěna na DNA organismu. To je uloženo s instrukcemi pro konstrukci proteinu. Gen má specifickou oblast molekuly DNA. V případě potřeby přepisuje a převádí na protein syntézou řetězce mRNA. Normálně běží kódující řetězec genu ze směru 5 'na 3'. Když je přepsán, vytváří vlákno mRNA ve stejném směru 5 'až 3'. Během transkripce slouží 3 'až 5' antisense vlákno jako templátové vlákno a iniciuje syntézu mRNA. V genu je místo iniciace transkripce. S odkazem na místo iniciace transkripce je DNA oblast směrem k 5 'konci kódujícího řetězce známa jako upstream DNA. Promotor genu je normálně umístěn v upstream oblasti DNA. V eukaryotických genech jsou oblasti TATA, promotorové proximální prvky a enhancery v oblasti před genem. Upstream oblast genu je označena zápornými čísly. Upstream DNA genu je pro transkripci nanejvýš důležitá.

Co je downstream DNA?

Místo iniciace transkripce je známé jako +1 bod genu. DNA oblast od +1 bodu směrem k 3 'konci kódujícího řetězce je známá jako downstream DNA. Jinými slovy, downstream od genu je od místa iniciace transkripce směrem k 5 'konci řetězce templátu. Proto downstream DNA genové oblasti zahrnuje transkripční jednotku a další sekvence, jako je terminátorová sekvence. Promotor může ovlivnit downstream sekvenci genu. Po směru toku je část genu označena kladnými čísly. Downstream DNA genu je skutečná oblast, která poskytuje proteinový produkt.

Obrázek 01: Upstream a downstream DNA

Jaký je rozdíl mezi DNA proti směru a proti proudu?

Upstream proti downstream DNA
DNA oblast směrem k 5 'konci kódující sekvence z místa iniciace transkripce je známa jako upstream DNA.	Oblast DNA směrem k 3 'konci kódujícího řetězce z místa iniciace transkripce je známá jako downstream DNA.
Prvky
Promotory a enhancery jsou umístěny na upstream DNA	Transkripční jednotka a terminátorové sekvence jsou umístěny v downstream DNA.
Číslování
Nukleotidy v oblasti proti proudu jsou označeny zápornými čísly	Nukleotidy jsou označeny kladnými čísly.
Funkce
Tato oblast obsahuje prvky nezbytné pro regulaci a iniciaci transkripce	Tato oblast obsahuje instrukce k produkci proteinu a ukončení transkripce

Shrnutí - Upstream vs. Downstream DNA

Je snadné identifikovat před a za řetězcem RNA. S ohledem na referenční místo je oblast směrem k 5 'konci řetězce RNA známa jako upstream RNA, zatímco oblast směrem k 3' konci je známa jako downstream RNA. V DNA však existují dva řetězce, které probíhají v obou směrech 5 'až 3' a 3 'až 5'. Rozdíl mezi protisměrnou a protisměrnou DNA je tedy komplikovaný. Proto je diferencován s ohledem na transkripci genu. Z místa iniciace transkripce směrem k 5 koncům sense řetězce je DNA oblast známá jako upstream DNA, zatímco od místa iniciace transkripce směrem k 3 'konci sense vlákna je známa jako downstream DNA. Toto je rozdíl mezi proti směru a proti směru DNA.

Reference:
1. Rhee, Amy C., Benjamin H. Somerlot, Neeta Parimi a Jonatha M. Gott. "Odlišné role pro sekvence před a za fyzikálními místy." RNA. Cold Spring Harbor Laboratory Press, září 2009. Web. 18. března 2017

Obrázek se svolením:
1. Barbosa, Cristina, Isabel Peixeiro a Luísa Romão. "Regulace genové exprese otevřenými čtecími rámečky a lidskou nemocí." PLOS Genetika. Veřejná knihovna vědy, n.d. Web. 18. března 2017.