Fat32 a NTFS byly vytvořeny pro sledování všech souborů na pevném disku. Fat (File Allocation System) vytvořený Billem Gatesem a Marcem McDonaldem, je starší ze dvou a od svého prvního objevení v roce 1977 prošel mnoha změnami. Číslo udává počet bitů potřebných pro sledování soubory. Fat16 je standardem docela dlouho, dokud na trh nedorazil pevný disk s kapacitou větší než 4 GB, kdy byl vytvořen Fat32.
Na druhé straně se souborový systém NTFS zrodil ze souborového systému HPFS používaného OS / 2, spolupráce společností IBM a Microsoft. Když dohoda nepronikla, některé funkce v HPFS se objevily v NTFS, když se objevily pro platformu Windows NT. Od té doby byl vyvinut a objevuje se v novější verzi systému Windows, jako je XP, Vista a brzy bude vydán systém Windows 7. Microsoft je držitelem patentu na systém souborů NTFS, a proto nezveřejňuje žádné podrobnosti týkající se systému souborů, který vyrábí pouze jednotky NTFS. čitelný pro systémy Windows po dlouhou dobu, i když již existují některé linuxové implementace, které jsou schopné přistupovat k jednotkám NTFS, ale bez svých významných funkcí.
Fat32 je velmi zjednodušující a bez chmýří systém, který je také velmi zdokumentován. Ve skutečnosti se nedělá nic, kromě sledování toho, kde jsou soubory uloženy. To je důvod, proč se stal souborovým systémem pro většinu přenosných paměťových médií, jako jsou flash disky, mp3 přehrávače a paměťové karty.
Souborový systém NTFS je zcela opačný a nabízí více vylepšení, která nejen zlepšují jeho výkon, ale také jeho bezpečnost. Jedním z nich je průhledná komprese souboru, která automaticky komprimuje soubor při zápisu na disk. To by mohlo uvolnit místo na disku, ale načtení souborů může nějakou dobu trvat. Dalším jsou diskové kvóty, kde správce systému může určit, kolik z disku může určitý uživatel použít.
Výběr mezi souborovými systémy NTFS a FAT32 je relativně snadný úkol. Jednoduše řečeno, NTFS je lepší volbou, pokud ji chcete nasadit do počítačového systému Windows. Nejen kvůli zlepšením rychlosti, ale také kvůli mnoha funkcím. To se však nedoporučuje pro přenosná média, protože většina zařízení a jiných operačních systémů má potíže nebo je zcela nemožný přístup k jednotkám NTFS..