Rozdíl mezi sekvenováním exomu a RNA

Key Difference - Exome vs RNA Sequencing
 

Sekvenování nukleových kyselin je technika, která určuje pořadí nukleotidů v konkrétním fragmentu DNA nebo RNA organismu. Sekvenování je důležité při identifikaci DNA a RNA složení buňky a rozlišování určitých genů, které kódují funkční proteiny; tedy sekvenování může být použito k pochopení mutací těchto genů a genových expresí. Metoda sekvenování Sanger nebo pokročilejší metody sekvenování Další generace jsou postupy sekvenování, které se běžně používají. Exome sekvenování je sekvenování kompletní sady exonů nebo kódujících oblastí DNA přítomných v organismu, zatímco RNA sekvenování je postup sekvenování Ribonukleových kyselin (RNA).. Toto je klíčový rozdíl mezi exome a sekvenováním RNA.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je Exome Sequencing
3. Co je to sekvenování RNA
4. Podobnosti mezi sekvenováním exomu a RNA
5. Porovnání bok po boku - sekvenování exome vs RNA v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je Exome Sequencing?

Exome je podskupina genomu, která se skládá z kódujících genů konkrétního organismu. Kódující geny jsou pojmenovány jako exony a jsou přepisovány do mRNA a poté převedeny do aminokyselinových sekvencí. Během posttranskripčních modifikací mechanismus sestřihu RNA v eukaryotech odstraní introny (nekódující oblasti) a exony zůstanou. Existují dvě hlavní techniky, při kterých se provádí exome sekvenování: založené na řešení a na poli.

Při exome sekvenování na bázi roztoku jsou vzorky DNA fragmentovány pomocí restrikčních enzymů nebo mechanickou metodou a denaturovány teplem. V této technice se biotinylované oligonukleotidové sondy (návnady) používají k selektivní hybridizaci s cílovými oblastmi v genomu. Pro krok vazby se používají magnetické kuličky streptavidinu. Vazba je následována promývacím krokem, kde jsou nevázané a necílené sekvence odplaveny. Navázané cíle jsou poté amplifikovány za použití polymerázové řetězové reakce (PCR) a poté jsou sekvenovány pomocí Sangerových sekvenčních technik nebo technik příští generace.

Obrázek 01: Exome Sequencing

Metoda založená na poli je také podobná metodě založené na řešení, s tou výjimkou, že fragmenty DNA jsou zachyceny do mikročipu a poté následují vazebné a promývací kroky před sekvenováním.

Exome sekvenování se používá v mnoha aplikacích, jako je genetická diagnostika chorob, při genové terapii, při identifikaci nových genetických markerů, v zemědělství k identifikaci různých prospěšných agronomických znaků a při postupech šlechtění rostlin..

Co je to sekvenování RNA?

RNA sekvenování je založeno na transkriptu, který je úplným přepisem buňky. Klíčové cíle sekvenování RNA jsou katalogizovat všechny druhy transkriptu, včetně mRNA, nekódující RNA a malé RNA, určit transkripční strukturu genů a kvantifikovat úrovně exprese každého transkriptu během vývoje. Během sekvenování RNA byly pro sekvenování nejprve použity hybridizační technologie (které byly komplementární DNA odvozené od zralých sekvencí mRNA). V současné době se pro sekvenování RNA používá přesnější a pokročilejší technika průchodu.

Obrázek 02: Sekvenování RNA

Při sekvenování RNA se vzorek RNA, kterým může být celková RNA nebo frakcionovaná RNA, převede na svou komplementární DNA (cDNA) pomocí reverzní transkripce a připraví se cDNA knihovna. Každý fragment cDNA je připojen k adaptérům na obou stranách (párování koncových sekvencí) nebo na jedné straně (sekvenování na jednom konci). Tyto značené sekvence jsou sekvenovány pomocí Sangerova sekvenování nebo další generace, jako je exome sekvenování.

Jaké jsou podobnosti mezi exome a sekvenováním RNA?

• Pro sekvenování Exome nebo RNA lze použít krátce vybrané fragmenty nebo celou sadu DNA / RNA.
• Sekvenované fragmenty se uchovávají v knihovnách.
• Lze použít Sangerova sekvenování nebo Next Generation sekvenování.
• Oba jsou in vitro sekvenční metody.
• Sekvenované fragmenty mohou být určeny fluorescenčními značkami.

Jaký je rozdíl mezi exome a sekvenováním RNA?

Sekvenování exome vs RNA
Exome sekvenování je sekvenování kompletní sady exonů nebo kódujících oblastí DNA přítomných v organismu.	RNA sekvenování se týká postupu sekvenování Ribonukleových kyselin (RNA); transkriptom.
Počínaje ukázkou
Genomická DNA je výchozím vzorkem exome sekvenování.	RNA je výchozí vzorek sekvenování RNA.
Složení
Toto obsahuje pouze kódující oblasti celkové DNA známé jako Exons	Toto obsahuje RNA-mRNA / transkriptom.
Sekvenování
Existují dvě hlavní metody exome sekvencování; technologie založené na řešení a na poli.	Sekvenování RNA se provádí přípravou knihovny cDNA extrahováním celkové RNA nebo fragmentované RNA.

Shrnutí - Exome vs RNA Sequencing

Exome je kompletní sada kódujících oblastí organismu a techniky podílející se na stanovení přesného pořadí nukleotidů Exome jsou známé jako exome sekvenování. RNA sekvenování je technika, která se podílí na stanovení pořadí nukleotidů RNA organismu. Toto je rozdíl mezi exome a RNA sekvenováním.

Stáhněte si PDF verzi Exome vs RNA Sequencing

Můžete si stáhnout PDF verzi tohoto článku a použít ji pro účely offline podle citace. Stáhněte si prosím PDF verzi zde Rozdíl mezi sekvencemi Exome a RNA

Reference:

1.Wang, Zhong a kol. "RNA-Seq: revoluční nástroj pro transkriptomiku." Recenze přírody. Genetics, USA National Library of Medicine, leden 2009, k dispozici zde. Přístup k 3. září 2017.
2.Warr, Amanda a kol. "Exome Sequencing: Současné a budoucí perspektivy." G3: Geny | Genomy | Genetika, Genetics Society of America, srpen 2015, k dispozici zde. Přístup k 3. září 2017.

Obrázek se svolením:

1. „Exome Sequencing Workflow 1a“ Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) prostřednictvím Commons Wikimedia
2. “Journal.pcbi.1004393.g002” od SarahKusala - vlastní práce (CC BY 3.0) přes Commons Wikimedia