Rozdíl mezi Exome a Transcriptome

Key Difference - Exome vs Transcriptome
 

Gen obsahuje v sobě kódující a nekódující oblasti. Kódující sekvence jsou známé jako exony a nekódující sekvence jsou známé jako introny. Nukleotidová sekvence exonů genu představuje genetický kód genu pro syntézu specifického proteinu. Proto exony zůstávají v molekule mRNA. Celková exonová oblast genomu je známa jako exome a je důležitou součástí genomu. Genetický kód genů je převeden na genetický kód molekuly mRNA, který je potřebný pro produkci proteinu. Celé molekuly mRNA transkribované v buňce nebo buněčné populaci najednou se nazývají transkriptom. Klíčovým rozdílem mezi exome a transcriptome je to exome představuje sekvence exonových oblastí genomu zatímco transkriptom představuje celkovou mRNA buňky nebo tkáně v daném čase.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je Exome
3. Co je Transcriptome
4. Porovnání vedle sebe - Exome vs Transcriptome
5. Shrnutí

Co je Exome?

Geny jsou složeny z exonů, intronů a regulačních sekvencí. Exony jsou genové oblasti, které se během transkripce přepisují do sekvence mRNA. Během transkripce jsou odstraněny introny a další nekódující oblasti. Nukleotidová sekvence exonů určuje genetický kód genu, který syntetizuje specifický protein, který kóduje. V mRNA proteinu zůstávají pouze exony. Sbírka exonů v genomu je známá jako exom organismu. Představuje část genomu, která je exprimována v genech. U lidí činí exome 1% z genomu. Je to proteinová část lidského genomu.

Obrázek 01: Exome

Co je Transcriptome?

Transkriptom je soubor všech proteinových a nekódujících transkriptů (RNA) v dané tkáni. Transkriptom představuje soubor celkových molekul mRNA exprimovaných geny v buňce nebo tkáni. Transkript v buňce se může měnit s transkriptomem jiného typu buňky. Transkript je také dynamický - mění se s časem v reakci na vnitřní i vnější podněty. I ve stejné tkáni nebo ve stejném typu buněk se může transkriptom změnit po několika minutách.

Transkriptom se liší od exomu organismu. Transcriptome zahrnuje pouze exprimované exome sekvence. Ačkoli exom buňky zůstává stejný, transkriptom se mezi buňkami liší, protože genová exprese není stejná pro všechny buňky nebo tkáně. V různých buňkách a tkáních jsou exprimovány pouze esenciální geny. Exprese genu je proces specifický pro tkáň nebo typ buňky. Je regulován různými faktory, včetně environmentálních faktorů. Proto se transkriptom může lišit podle podmínek vnějšího prostředí.

Transcriptom se používá jako prekurzor proteomických studií. Všechny proteiny jsou odvozeny ze sekvencí mRNA. Translační modifikace mohou vést ke změnám v proteinech. Transkriptom však poskytuje důležité základní informace pro proteomické studie.

Obrázek 02: Transcriptom embryonálních kmenových buněk

Jaký je rozdíl mezi Exome a Transcriptome?

Exome vs Transcriptome
Exome je kolekce proteinů kódujících oblastí genů.	Transkriptom je soubor veškeré transkribované RNA včetně mRNA.
Vzorek
Exome je studován pomocí vzorku DNA.	Transcriptom je studován pomocí vzorku RNA.
Metoda studia
Celý exome sekvenování je metoda studia exomu.	RNA sekvenování je metoda studia transkriptomu.

Shrnutí - Exome vs Transcriptome

Exony jsou kódující sekvence genů a určují mRNA sekvence proteinů. Soubor těchto kódujících sekvencí (exonů) je znám jako exom organismu. Geny jsou přepsány do molekul mRNA před vytvořením proteinů. Celkové molekuly mRNA buňky nebo tkáně v kterémkoli daném čase jsou známé jako transkriptom. Transcriptome představuje geny, které jsou aktivně exprimovány do mRNA v kterémkoli daném okamžiku. Transkript je specifický pro buňky a tkáně a ovlivňuje podmínky prostředí. To je rozdíl mezi exome a transcriptome.

Reference:
1. Sarah a kol., „Cílené zachycení a masivní paralelní sekvenování dvanácti lidských exomů“. Příroda. US National Library of Medicine, 10. září 2009. Web. 01 Duben 2017
2.Mutz et al. "Analýza transkriptomu pomocí sekvenování příští generace." Elsevier: Vyhledávač článků. N.p., září 2012. Web. 01 Duben 2017

Obrázek se svolením:
1. „Transcriptom pluripotentních buněk“ Grskovic, M. a Ramalho-Santos, M., pluripotentní transkript (10. října 2008), StemBook, ed. Komunita pro výzkum kmenových buněk, StemBook, doi / 10,3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Obrázek 2 Transkript pluripotentních buněk. Grskovic, M. a Ramalho-Santos, M., pluripotentní transkript (10. října 2008), StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10,3824 / stembook.1.24.1, (CC BY 3.0) přes Commons Wikimedia