Rozdíl mezi hierarchickou a celou genomovou brokovnicí

klíčový rozdíl mezi hierarchickým a celkovým genomovým brokovníkem je to v hierarchickém sekvenování brokovnice je genom před sekvenováním rozdělen do větších fragmentů, zatímco v sekvenování celého genomu brokovnice je celý genom rozdělen na malé fragmenty pro sekvenování.

Sekvenování je důležitá technika v molekulárních procesech, zejména při přesné identifikaci druhů. Ve skutečnosti jde o techniku ​​identifikace přesného pořadí nukleotidů v genu nebo genomu. Existuje mnoho technik pro sekvenování. Mezi ně patří Maxam Gilbertova metoda, Sangerova metoda a automatizovaná Sangerova metoda.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je hierarchické brokovnice
3. Co je sekvenování brokovnice celého genomu
4. Podobnosti mezi hierarchickou a sekvencí celé genomové brokovnice
5. Porovnání bok po boku - hierarchické vs celé genomové brokovnice sekvenování v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co je hierarchické střílení brokovnice?

Hierarchické brokovnice jsou jednou z metod sekvencování. Nazývá se také „řazení shora dolů“. Dále tato metoda sestává ze dvou kroků: prvním krokem je amplifikace genomu a druhým krokem je fragmentace genomu. Při této metodě je genom nejprve střihán na velké fragmenty. Následuje klonování těchto velkých fragmentů do různých hostitelů pomocí vektorů nebo umělých chromozomů. Poté jsou tyto rekombinantní vektory uspořádány do knihovny. Během sekvenování brokovnice podléhají klony rekombinantního vektoru sekvenování jednotlivě. Fragmenty v klonech podléhají restrikčnímu štěpení, aby se dále zmenšila velikost genomu, čímž se podrobí sekvenování.

Obrázek 01: Hierarchické sekvenování brokovnice

Během hierarchického střílení brokovnice musí být velké kousky fragmentů uspořádány v pořádku před sekvenováním brokovnice. Děje se to pomocí molekulárních markerů, které jsou začleněny během procesu klonování.

Hierarchické sekvenování brokovnice vytváří genovou mapu s nízkým rozlišením. Vytváří však uspořádanou sekvenční mapu. Trvá tedy déle než přímé sekvenování. Celý proces se zpozdil kvůli vytvoření rekombinantní vektorové knihovny. Je to také technika náročná na práci. V současné době je však tato technika automatizovaná, aby se práce usnadnila.

Co je sekvenování brokovnice celého genomu?

Celý genomový brokovník je sekvenování v jednom kroku. V tomto procesu dochází nejprve k střihu celého genomu. Poté se každý z těchto malých fragmentů náhodně sekvenuje. Po dokončení sekvenování se provede analýza sekvencí. Během sekvenční analýzy jsou překrývající se sekvence odstraněny a analýza není uspořádaným procesem. Sestavování sekvencí je proto méně účinný proces ve srovnání s hierarchickým sekvencováním brokovnice. Proces sekvenování broků celého genomu je však rychlejší a analýza celého genomu může probíhat v jedné instanci.

Jaké jsou podobnosti mezi hierarchickou sekvencí a sekvencí brokovnice celého genomu?

• Hierarchické a celé genomové brokovnice jsou dva sekvenční přístupy.
• Oba podstoupí Sangerovy sekvenování nebo automatizované Sangerovy sekvenční metody.
• Podílejí se na sekvenování fragmentů DNA a RNA.
• Navíc jsou obě metody důležité pro molekulární diagnostiku a výzkumné účely.
• V současné době jsou obě techniky automatizované nebo založené na počítači.
• Obě techniky se spoléhají na fragmentaci genomu.

Jaký je rozdíl mezi hierarchickou a celou genomovou brokovnicí?

Hierarchické sekvenování brokovnice generuje fragmenty větší velikosti ve srovnání s sekvencováním brokovnic celého genomu, které pracují s malými fragmenty sekvencí. To je klíčový rozdíl mezi hierarchickým a celým genomovým brokovníkem. Kromě toho, hierarchické brokovnické sekvencování sestává ze dvou hlavních kroků, zatímco celé genomové brokovnice se spoléhá na jeden hlavní krok.

Kromě toho je dalším rozdílem mezi hierarchickým a celým genomovým brokovníkem sekvencování v tom, že rozlišení je vyšší v sekvenování brokovnic celého genomu v porovnání s hierarchickým sekvencováním brokovnic.

Níže uvedený infographic shrnuje rozdíl mezi hierarchickým a celým genomovým brokovníkem.

Shrnutí - hierarchické vs celé genomové brokovnice

Hierarchické a celé genomové brokovnice jsou dvě techniky pro sekvenování velkých genomů. Hierarchická sekvence brokovnice je dvoustupňový proces sekvencování, kdy je genom rozdělen na větší fragmenty. Naproti tomu celé genomové brokovnice jsou jednokrokové, kdy je genom rozdělen na malé fragmenty a přímo sekvenován. Toto je klíčový rozdíl mezi hierarchickým a celkovým genomovým brokovníkem. Kromě toho se technické aspekty mohou u obou technik lišit.

Odkaz:

1. Waterston, Robert H, a kol. "O sekvenování lidského genomu." Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických, Národní akademie věd, 19. března 2002, k dispozici zde.
2. Pal, Shital. "Sekvenování genomu." LinkedIn SlideShare, 4. listopadu 2014, k dispozici zde.

Obrázek se svolením:

1. „Sekvenování celé genomové brokovnice versus hierarchické brokovnice“ Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Metody počítačové biologie a jejich aplikace na srovnávací genomiku endocelulárních symbiotických bakterií hmyzu“. Biol. Postupy online (2009). Přístup přes SpringerImages (CC BY-SA 2.5) přes Commons Wikimedia