Rozdíl mezi sondou a primerem

Key Difference - Probe vs Primer
 

Molekulární sonda je malý fragment DNA nebo RNA, který rozpoznává komplementární sekvence v DNA nebo RNA a umožňuje identifikaci cílové sekvence. Primer je malý úsek DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod pro syntézu DNA. Primery a sondy hybridizují s komplementárními nukleotidy templátové DNA nebo cílové DNA. Klíčovým rozdílem mezi sondou a primerem je však to primery jsou nezbytné pro replikaci DNA, zatímco sondy jsou nezbytné pro detekci specifických sekvencí ve vzorku DNA.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je sonda
3. Co je Primer
4. Srovnání bok po boku - sonda vs primer
5. Shrnutí

Co je sonda?

Sonda je malý fragment DNA nebo RNA používaný k detekci cílové DNA nebo RNA ve vzorku molekulární hybridizací. Oni jsou také známí jako molekulární markery. Délka sondy se může lišit (100 až 1000 bází) a nukleotidy sondy jsou komplementární k části cílové sekvence. Pro snadnost detekce jsou sondy značeny radioaktivními izotopy nebo fluorescenčními barvivy nebo protilátkami. Sondy se vážou na komplementární báze cílové sekvence a odhalují přítomnost cílové DNA nebo RNA ve vzorku. Existují dvě hlavní metody značení sond: konec označování a překlad nicku. Sondy jsou rozděleny do různých typů, včetně DNA sond, RNA sond, cDNa sond a syntetických oligonukleotidových sond, a připravují se pomocí různých technik..

Sondy jsou důležitými nástroji v mnoha mikrobiálních a molekulárních oblastech, jako je virologie, forenzní patologie, testování otcovství, otisk DNA, detekce genetických chorob, RFLP, molekulární cytogenetika., in situ hybridizace atd.

Obrázek 01: Fluorescenčně značená sonda použitá v FISH pro detekci patogenu

Co je to primer?

Primer je krátký fragment DNA nebo RNA, který slouží jako iniciátor pro syntézu DNA. Enzym DNA polymerázy přidává nukleotidy do 3 'OH skupiny sekvence primerů a syntetizuje nový řetězec komplementární k templátové DNA. Primery jsou velmi krátké fragmenty o délce 18 až 20 nukleotidů. Chemicky jsou syntetizovány v laboratoři pro in vitro DNA amplifikace (PCR). Primery mohou mít jakoukoli sekvenci nukleotidů, protože jsou navrženy uživatelem. Jsou syntetizovány tak, aby odpovídaly komplementárním bázím templátové DNA. Proto může mít jakoukoli sekvenci nukleotidů. Primery jsou nanejvýš důležité pro replikaci DNA, protože DNA polymeráza nemůže syntetizovat novou DNA bez existujícího kousku DNA. Při navrhování primerů pro PCR je třeba vzít v úvahu následující věci:

• Primery by měly obsahovat komplementární nukleotidy k sousednímu konci DNA, která se chce amplifikovat.
• Primery by měly mít teplotu tání mezi 55 - 65 ⁰C
• Obsah G a C by měl být mezi 50 až 60%.

V PCR se používají dva primery jako dopředný a reverzní k replikaci obou řetězců DNA vzorku. Primery se běžně používají k provádění PCR a DNA sekvenování.

Obrázek 02: Žíhání primerů v PCR

Jaký je rozdíl mezi sondou a primerem?

Probe vs Primer
Sonda je malý fragment DNA / RNA používaný k detekci přítomnosti cílové sekvence ve vzorku molekulovou hybridizací.	Primer je malý úsek DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod pro replikaci DNA.
Funkce
To detekuje přítomnost specifické sekvence ve vzorku DNA nebo RNA.	To slouží jako výchozí bod pro syntézu DNA.
Délka
Délka může být v rozsahu 100 - 1000 základen	Délka je obvykle kolem 18 - 20 základen
Vazba s doplňkovou sekvencí
Sonda hybridizuje s komplementárními bázemi cílové sekvence	Primerové žíhání s komplementárními bázemi řetězců DNA.
Značení
Sondy jsou označeny pro snadnou detekci	Primery nejsou obecně označeny
Použití v PCR
Sondy se v PCR nepoužívají	Primery se používají v PCR

Shrnutí - Probe vs Primer

Sonda je malý fragment DNA nebo RNA sekvence, která může být hybridizována s komplementárními nukleotidy k detekci cílové sekvence ve vzorku. Sondy jsou značeny radioaktivně, imunologicky nebo fluorescenčně, aby bylo vidět přítomnost cílové sekvence. Primer je velmi malý fragment DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod in vitro DNA amplifikace. DNA polymeráza identifikuje primer 3 'OH skupiny a zahajuje tvorbu nového vlákna komplementárního k templátu. Sondy a primery fungují podobně hybridizací s komplementárními nukleotidy. Klíčovým rozdílem mezi sondou a primerem je tedy jejich hlavní funkce.

Odkaz:
1. "Primer (molekulární biologie)." Wikipedia. Nadace Wikimedia, 2. února 2017. Web. 01.03.2017.
2. „Hybridizační sonda.“ Wikipedia. Wikimedia Foundation, 30. prosince 2016. Web. 01.03.2017
3. „Primer (molekulární biologie).“ Primer (molekulární biologie) - ScienceDirect Topics. N.p., n.d. Web. 01.03.2017

Obrázek se svolením:
1. „RYBY pro identifikaci bakteriálních patogenů“ od Pepetps Togopic Ivan Akira Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia
2. „Primers RevComp Melted2“ od Richard Wheeler (Zephyris) - vlastní práce (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia