Rozdíl mezi náhodnými primery a Oligo dT

klíčový rozdíl mezi náhodnými primery a oligo dT je to náhodný primer je směsí všech možných hexamerových oligonukleotidových sekvencí, zatímco oligo dT primer sestává z jednovláknového úseku 12-18 deoxythymidinů.

Reverzní transkripce je mechanismus, ve kterém lze cDNA syntetizovat pomocí mRNA nebo jakéhokoli druhu RNA. Za účelem produkce cDNA by měly být poskytnuty enzymy reverzní transkriptázy a další nezbytné složky, zejména templát a primery. Primery jsou krátké DNA sekvence specificky navržené pro amplifikaci cílových sekvencí. Náhodné primery a oligo dT primery jsou dva běžné typy primerů používaných v reverzní transkripci. Náhodný primer nebo oligo dT primer jsou tedy krátké oligonukleotidové sekvence DNA potřebné pro reverzní transkriptázu k iniciaci reverzní transkripce. V závislosti na RNA templátu může být vhodný primer vybrán z těchto dvou typů primerů.

OBSAH

1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co jsou náhodné primery 
3. Co je Oligo dT
4. Podobnosti mezi náhodnými primery a Oligo dT
5. Porovnání bok po boku - náhodné primery vs Oligo dT v tabulkové formě
6. Shrnutí

Co jsou náhodné primery?

Náhodný primer je směs oligonukleotidů představujících všechny možné hexamerové sekvence. Primerová sekvence náhodného primeru je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T nebo C. Proto lze náhodné primery použít pro amplifikaci jednovláknové DNA nebo RNA pomocí DNA polymerázy nebo reverzní transkriptázy, resp. Kromě toho je náhodná směs primerů schopna amplifikovat všechny oblasti RNA za vzniku cDNA. Produkuje tedy různé délky cDNA.

Obrázek 01: Náhodné primery

Nejdůležitější je, že náhodná směs primerů nevykazuje specifitu šablony. Není schopen rozlišit mRNA a jiné druhy RNA. A to žíhá s jakýmkoli druhem RNA ve vzorku. Náhodná směs primerů je však vhodná pro reverzní transkripci RNA bez poly (A) ocasů, jako je rRNA, tRNA, nekódující RNA, malé RNA, prokaryotická mRNA atd., Degradovaná RNA a RNA se známými sekundárními strukturami.

Co je Oligo dT?

Oligo dT primer je úsek 12 - 18 deoxythyminu (dT). Sekvence primerů může být reprezentována jako 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Používá se pro produkci cDNA z mRNA obsahující poly (A) ocas. V zásadě působí jako primer pro reakci katalyzovanou reverzní transkriptázou. Během reverzní transkripce se oligo dT primer hybridizuje s polyadenylovaným ocasem nalezeným na 3 'konci většiny eukaryotických mRNA a zahajuje proces.

Obrázek 02: Reverzní transkripce pomocí primeru Oligo dT

Na rozdíl od náhodného primeru není oligo dT primer vhodný pro degradovanou RNA nebo RNA, které postrádají poly (A) ocasy, včetně prokaryotické RNA a microRNA.

Jaké jsou podobnosti mezi náhodnými primery a Oligo dT?

• Náhodný primer a oligo dT primer jsou dva typy primerů, které se používají při reverzní transkripci a při výrobě cDNA.
• Společné použití náhodného primeru a oligo dT primeru zvyšuje citlivost syntézy cDNA.
• Jsou to jednořetězcové krátké nukleotidové sekvence.

Jaký je rozdíl mezi náhodnými primery a Oligo dT?

Náhodný primer je krátká oligonukleotidová sekvence složená z náhodné sekvence. Mezitím oligo dT primer je krátký řetězec složený z 12 až 18 deoxythymidinů. Toto je klíčový rozdíl mezi náhodnými primery a oligo dT. Sekvence náhodného primeru je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T nebo C. Zatímco sekvence oligo dT primeru je 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Proto to můžeme považovat za další rozdíl mezi náhodnými primery a oligo dT.

Navíc náhodné primery nevykazují specifičnost templátu a anelují s jakýmkoli druhem RNA, zatímco oligo dT primery vykazují specificitu pro poly (A) konce eukaryotické mRNA.

Níže uvedený infographic shrnuje rozdíl mezi náhodnými primery a oligo dT.

Shrnutí - Random Primers vs Oligo dT

Náhodný primer a oligo dT primer jsou dva typy primerů používaných v syntéze cDNA. Náhodný primer sestává ze směsi oligonukleotidů představujících všechny možné hexamerové sekvence, zatímco oligo dT primer je jednovláknová sekvence 12 až 18 deoxythymidinů. Toto je klíčový rozdíl mezi náhodnými primery a oligo dT. Kromě toho jsou oligo dT primery užitečné pro úplnou reverzní transkripci RNA s poly (A) ocasem, zatímco náhodné primery jsou užitečné pro reverzní transkripci většiny druhů RNA, včetně degradované RNA, RNA, které postrádají poly (A) konce a RNA obsahující sekundární struktury. Náhodný primer tedy nevykazuje specifičnost templátu, zatímco oligo dT primer vykazuje specificitu vůči eukaryotické mRNA obsahující poly (A) ocas.

Odkaz:

1. „Nastavení reverzní transkripce: Thermo Fisher Scientific - USA.“ Nastavení zpětného přepisu Thermo Fisher Scientific - USA, k dispozici zde.

Obrázek se svolením:

1. „Primers RevComp“ od Zephyris - vlastní práce (CC BY-SA 3.0) přes Commons Wikimedia
2. „RT PCR model“ od Lokeshthimmana - vlastní práce (CC BY-SA 4.0) přes Commons Wikimedia