Rozdíl mezi SYBR Green a Taqman

Klíčový rozdíl - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green a Taqman jsou dvě metody používané k detekci nebo sledování procesu amplifikace PCR v reálném čase. SYBR Green je metoda založená na interkalaci barviva barvícího nukleovou kyselinu, zatímco Taqman je metoda založená na hydrolytické sondě. Obě technologie jsou navrženy tak, aby generovaly fluorescenci během PCR, což umožňuje PCR stroji v reálném čase sledovat reakci v „reálném čase“.. Metoda SYBR Green se provádí za použití fluorescenčního barviva zvaného SYBR green a detekuje amplifikaci vazbou barviva k produkci dvouvláknové DNA. Taqman se provádí pomocí duálně značených sond a detekuje amplifikaci degradací sondy pomocí Taq polymerázy a uvolňování fluoroforu. To je klíčový rozdíl mezi SYBR Green a Taqman.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je SYBR Green
3. Co je Taqman
4. Porovnání vedle sebe - SYBR Green vs Taqman
5. Shrnutí

Co je SYBR Green?

SYBR Green je fluorescenční barvivo používané k barvení nukleových kyselin, zejména dvouřetězcové DNA v Molecular Biology. Metoda SYBR Green se používá k kvantifikaci produktů PCR během PCR v reálném čase. Jakmile se váže na DNA, výsledný komplex DNA-barvivo absorbuje modré světlo a vydává intenzivní zelené světlo. Stává se to kvůli strukturální změně, ke které dochází v molekule barviva po vazbě s dvouřetězcovou DNA. Když PCR vytvoří stále více DNA, více molekul barviva se váže s DNA, čímž se vytvoří větší fluorescence. Proto se fluorescence zvyšuje s akumulací produktu PCR. Množství produktu PCR lze tedy kvantitativně měřit detekcí fluorescence SYBR Green.

Zelené barvivo SYBR lze také použít pro značení DNA v cytometrii a fluorescenční mikroskopii. Ethidiumbromid byl úspěšně nahrazen SYBR Green, protože Ethidiumbromid je karcinogenní barvivo s problémy s likvidací během vizualizace DNA při gelové elektroforéze..

Existují výhody a nevýhody zelené metody SYBR. Tato metoda je velmi citlivá, levná a snadno použitelná. Avšak vzhledem ke své schopnosti vázat se na jakoukoli dvouřetězcovou DNA může nespecifická vazba vést k nadměrné kvantifikaci produktu PCR..

Obrázek 01: SYBR Green Technique

Co je Taqman?

Taqman je alternativní metoda k SYBR Green pro sledování PCR procesu v reálném čase. Tato metoda závisí na 5 '- 3' exonukleázové aktivitě enzymu Taq polymerázy pro degradaci sond během rozšíření nového vlákna a uvolňování fluoroforu. V této metodě se používají duálně značené sondy, které jsou založeny na hydrolýze sond. Sondy jsou fluorescenčně značené DNA oligonukleotidy mající fluorescenční reportérovou molekulu (fluorofor) na 5 'konci a zhášečovou molekulu na 3' konci. Jsou navrženy tak, aby se vázaly na jednovláknovou šablonu na opačné straně základního žíhání. Taq polymeráza přidává nukleotidy k primeru a rozšiřuje nový řetězec směrem k duálně značeným sondám. Jakmile Taq polymeráza splňuje sondu, aktivuje a degraduje sondu exonukleázový účinek Taq polymerázy. Jakmile dokončí syntézu nového řetězce, sonda se podrobí úplné degradaci a uvolní fluorofor. Uvolňování fluoroforu generuje fluorescenci. Fluorescenční zhášeč molekula účinně potlačuje emitované světlo a vytváří výstup pro kvantifikaci produktu PCR. Uvolňování fluoroforů a množství produktů PCR jsou přiměřené. Kvantifikaci lze tedy snadno provést metodou Taqman.

Obrázek 02: Taqmanova metoda

Taqmanova metoda se používá v PCR v reálném čase, kvantifikace genové exprese, detekce genetických polymorfismů, kvantifikace delecí chromozomální DNA, identifikace bakterií, ověření mikročipové analýzy, genotypizace SNP atd..

Jaký je rozdíl mezi SYBR green a Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green je založen na barvivu vázajícím DNA.	Taqman závisí na hybridizačních sondách a 5 'až 3' exonukleázové aktivitě Taq polymerázy.
Fluorescenčně značené sondy
Nejsou zapotřebí žádné fluorescenčně značené sondy.	Vyžadují se duálně značené sondy.
Analýza multiplexního genu
Nelze použít pro multiplexní genové cíle.	Může být použit pro multiplexní genové cíle.
Náklady
To je levnější.	To je dražší.
Specifičnost
To je méně specifické a váže se na jakoukoli dvojřetězcovou DNA	To jsou vysoce specifické, protože sondy detekují specifické produkty amplifikace.
Účinnost
To je méně efektivní.	To je vysoce efektivní.
aplikace
Používá se při real-time PCR, vizualizaci na agarózovém gelu, značení DNA atd.	Používá se při PCR v reálném čase, kvantifikaci genové exprese, detekci genetických polymorfismů atd.

Shrnutí - SYBR Green a Taqman

Taqman a SYBR green jsou dvě metody používané v real-time PCR (kvantitativní PCR). Obě metody umožňují účinnou kvantifikaci produktu PCR a spoléhají na emise fluorescence. Taqmanova metoda používá duálně značené sondy pro detekci akumulované DNA, zatímco metoda SYBR Green používá fluorescenční barvivo. Obě tyto metody mají také různé aplikace v molekulární biologii.

Odkaz:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour a Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Porovnání metod SYBR Green a TaqMan v kvantitativní analýze polymerázové řetězové reakce v reálném čase u čtyř podtypů adenosinových receptorů." Pokročilý biomedicínský výzkum. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13. března 2017.
2. „Základní principy PCR v reálném čase“. PCR v reálném čase, kvantitativní (qPCR), primery a Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13. března 2017.
3. „SYBR zelená a jiná PCR barviva v reálném čase.“ Biocompare. N.p., 5. dubna 2010. Web. 14. března 2017

Obrázek se svolením:
1. „PCR se zelenou SYBR“ Do -Ygonaar 23:09, 7. března 2006 (UTC) - Je to graf vytvořený Ygonaarem s Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. „Taqman“ uživatelem: Braindamaged - vlastní práce (public domain) přes Commons Wikimedia