Rozdíl mezi AFLP a RFLP

Klíčový rozdíl - AFLP vs. RFLP

Studie DNA mají nesmírný význam při porozumění a určování fylogenetických vztahů, diagnostice genetických chorob a mapování genomů organismu. K identifikaci konkrétního genu nebo sekvence DNA v souboru neznámé DNA se také používá několik technik spojených s analýzou DNA. Jsou známy jako molekulární markery. Zesílený polymorfismus délky fragmentu (AFLP) a Polymorfismus délky fragmentů s omezením (RFLP) jsou dva takové molekulární markery (metody) vyvinuté v molekulární biologii pro detekci genetické variace mezi organismy. Obě metody jsou stejně důležité a mají výhody a nevýhody. Klíčovým rozdílem mezi AFLP a RFLP je to AFLP zahrnuje selektivní PCR amplifikaci naštěpené DNA, zatímco RFLP nezahrnuje selektivní PCR amplifikaci fragmentů DNA.

OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je AFLP
3. Co je to RFLP
4. Porovnání bok po boku - AFLP vs RFLP
5. Shrnutí

Co je AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) je důležitým nástrojem v molekulární biologii a je široce používán v analýze genetických variací. AFLP je založen na specifické PCR amplifikaci fragmentované genomové DNA a detekci polymorfismu autoradiografy gelovou elektroforézou. AFLP široce přispívá k identifikaci genetických rozdílů v kmenech nebo blízce příbuzných druzích různých království, včetně rostlin, zvířat, bakterií a hub. AFLP lze provádět s malým množstvím neznámých vzorků DNA. Nevyžaduje předchozí sekvenční znalosti a navrhování sond.

Kroky AFLP

Izolace DNA
Štěpení DNA restrikčními endonukleázami
Ligace omezených fragmentů DNA pomocí adaptérů
Selektivní amplifikace fragmentů se specifickými restrikčními místy
Separace produktů PCR gelovou elektroforézou
Vizualizace gelové matrice autoradiografem

AFLP je citlivější a reprodukovatelnější metoda, kterou lze použít při profilování DNA několika taxonů včetně hub, bakterií, rostlin a zvířat bez předchozí znalosti sekvencí DNA. Pomáhá při identifikaci nepatrných rozdílů mezi jednotlivci v populacích kvůli jejich vysoce citlivé povaze. AFLP je také důležitý při mapování genomu, forenzních studiích, rodičovských testech, genotypizaci atd.

Obrázek 01: AFLP

Co je to RFLP?

Polymorfismy délky restrikčních fragmentů (RFLP) je technika, která se používá k detekci genetických variací v homologních sekvencích DNA. Je to první metoda vyvinutá pro profilování DNA. Organismy mají jedinečné otisky prstů nebo profily DNA. RFLP slouží jako důležitý nástroj pro analýzu změn mezi profily DNA intraspecifických nebo úzce příbuzných organismů, protože homologní sekvence mají různá restrikční místa (umístění), která jsou pro konkrétní organismus jedinečná. Pokud je homologní DNA štěpena specifickými restrikčními endonukleázami, bude to mít za následek různé profily DNA, které jsou jedinečné pro každého jednotlivce. Proto je hlavní metodou detekce genetické variace mezi organismy omezením homologní DNA specifickými restrikčními enzymy a analýzou polymorfismu délky fragmentu gelovou elektroforézou a blotováním. Blotovací vzory jsou pro každý organismus jedinečné a charakterizují specifické genotypy.

Kroky RFLP

Izolace dostatečného množství DNA ze vzorků
Fragmentace vzorků DNA se specifickými restrikčními endonukleázami na krátkou sekvenci
Separace výsledných fragmentů s různými délkami elektroforézou na agarózovém gelu.
Přenos profilu gelu do membrány pomocí Southern blottingu
Hybridizace membrány se značenými sondami a analýza polymorfismu délky fragmentu v každém profilu

RFLP je velmi důležitá technika při detekci dědičnosti nemocí a zjišťování rizika výskytu nemoci u členů rodiny. RFLP se také často používá při mapování genomu, při identifikaci zločinců ve forenzním řízení, testování otcovství atd. RFLP má také několik omezení. RFLP vyžaduje předchozí znalost sekvenčních dat pro návrh sond pro hybridizaci. Vyžaduje také izolaci dostatečného množství DNA ze vzorku k analýze, což je v forenzních studiích obtížné.

Obrázek 01: Mapování RRFLP

Jaký je rozdíl mezi AFLP a RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP zahrnuje selektivní PCR amplifikaci štěpené DNA.	RFLP nezahrnuje PCR, pokud to není PCR-RFLP.
Znalost sekvence
Znalost předchozí sekvence není nutná.	K navržení sond RFLP je vyžadována znalost předchozí sekvence.
Spolehlivost
To je spolehlivější.	To je méně spolehlivé ve srovnání s AFLP.
Účinnost při detekci polymorfismu
To má vyšší účinnost při detekci polymorfismu než RFLP.	To je ve srovnání s AFLP méně efektivní.
Náklady
Ve srovnání s RFLP je to trochu drahé.	To je v porovnání s AFLP levnější.
Aplikace
AFLP byly použity pro mapování genomu, otisky DNA, studie genetické rozmanitosti, testování otcovství a forenzní	RFLP analýza je důležitým nástrojem při mapování genomu, lokalizaci genů pro genetické poruchy, stanovení rizika onemocnění a testování otcovství..

Shrnutí - AFLP vs RFLP

AFLP a RFLP jsou dvě techniky používané jako genetické markery pro hodnocení diverzity a hodnocení genetických vztahů v molekulární biologii. AFLP slouží jako efektivní a citlivá metoda pro detekci genetického polymorfismu mezi organismy než RFLP. Přestože obě tyto metody mají různou účinnost v detekci genetických variací, stále se používají pro DNA otisky prstů a diagnostiku onemocnění.

Odkaz:
„1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. a Anete P. De Souza. "Srovnání značek RAPD, RFLP, AFLP a SSR pro studie rozmanitosti inbredních linií tropické kukuřice." Genetika a molekulární biologie. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19. března 2017
2. „Polymorfismus délky fragmentů s omezením (RFLP).“ Národní centrum pro biotechnologické informace. U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 19. března 2017
3. Masiga D. K. a Turner C. M. (2004). "Analýza amplifikované (restrikční) polymorfie délky fragmentu (AFLP)". Methods Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19. března 2017

Obrázek se svolením:
1. „ALFP“ Barbarossa na nizozemské Wikipedii - převedena z nl.wikipedia na Commons. (Public Domain) prostřednictvím Commons Wikimedia
2. „Mapování RFLP“ autorem Retama - vlastní práce (GFDL) prostřednictvím Commons Wikimedia

Věda a příroda