V minulosti, archaea byly klasifikovány jako bakterie a byli voláni archaebakterie. Bylo však zjištěno, že archaea má ve srovnání s biochemií zřetelnou evoluční historii a biochemii
Až do poloviny 20. století biologové klasifikovali všechny živé věci jako rostlinu nebo zvíře. Ale tento systém nedokázal pojmout houby, protisty a bakterie. Takže v 70. letech 20. století se klasifikační systém vyvinul na tzv. Pět království - prokaryoty (bakterie) a eukaryoty (rostliny, zvířata, houby, protisté). Eukaryoty se vyznačují přítomností jader, cytoskeletů a vnitřních membrán v jejich buňkách.
Na konci 70. let Dr. Carl Woese a jeho kolegové z University of Illinois identifikovali skupinu mikroorganismů, jejichž genetické složení bylo výrazně odlišné od jiných bakterií. Rozdělili prokaryotický život na to, co nazývali archaeabakterie a eubakterie. Později však dospěli k závěru, že „archaeabakterie“ byly dostatečně odlišné, aby vůbec nebyly bakteriemi. Skupiny byly přejmenovány archaea a bakterie.
Strom života ukazující klasifikaci všech živých organismů.Jak archaea, tak eubakterie mají podobný tvar a velikost. Oba se vyskytují jako tyče, koky, spirály, talíře nebo stočené.
Obecná buněčná struktura archaea a bakterií je stejná, ale složení a organizace některých struktur se liší v archaea. Podobně jako bakterie, archaea nemají vnitřní membrány, ale obě mají buněčnou stěnu a k plavání používají bičíky.
Archaea se liší ve skutečnosti, že jejich buněčná stěna neobsahuje peptidoglykan a buněčná membrána používá etherem vázané lipidy na rozdíl od esterem vázaných lipidů v bakteriích.
Archaea flagella se vyvinula z pili bakterií typu IV, zatímco bakteriální flagella se vyvinula ze sekrečního systému typu III. Bakteriální bičík je jako stonek, který je dutý a je spojen s podjednotkami, které se mohou volně pohybovat po středním póru a přidávají se ke špičce bičíků, zatímco v archaea jsou podjednotky bičíků přidány k základně.
Archaea reprodukovat asexuálně procesem binárního štěpení, pučení a fragmentace. Eubakterie rozmnožovat se asexuálně pomocí binárního štěpení, pučení, fragmentace, ale eubakterie mají jedinečnou schopnost formovat spory, aby zůstaly spící v průběhu let, což je vlastnost, kterou Archaea nevykazuje. Růst bakterií probíhá ve třech fázích, zpožďovací fáze, kdy se buňky přizpůsobí novému prostředí, log fáze značí exponenciální růst a stacionární fáze, když jsou vyčerpány živiny.
Archaea může přežít v extrémním a drsném prostředí, jako jsou horké prameny, slaná jezera, bažiny, oceány, střeva přežvýkavců a lidí. Eubakterie jsou všudypřítomné a nacházejí se v půdě, horkých pramenech, radioaktivní odpadní vodě, zemské kůře, organických látkách, tělech rostlin a zvířat atd..